一是对审计机关预算执行情况及财政财务收支情况进行审计。主要从审计机关的会计资料入手，首先审阅任期年度内的预算报表，重点检查预算编制中金额较大的业务项目是否真实存在，是否属于审计机关本身所有；其次审阅任期年度内同级财政批复的决算报表，检查审计机关决算编制是否真实、合法、完整，是否将不属于本机关的收支项目纳入决算，或者将应编入决算而未编入决算的项目遗漏；再次，对任期年度内重要项目经费收支、债权债务等进行审核，检查重要项目收入的取得途径是否正当、合法，经费支出的内容是否真实，手续是否符合有关规定；是否存在多头开设银行账号、设立账外账的行为；经费结余结转是否正确、真实、合规；是否存在长期挂帐不予清理的债权债务和个人长期借用公款的问题。 二是对审计机关的资产管理使用情况及与财产有关的内部管理制度建立和执行情况进行审计。主要从固定资产管理部门的台账和会计资料入手，审查审计机关固定资产改扩建和购置，是否经过有权部门批准，是否经过审计机关领导层研究讨论，是否经过政府采购，资金来源是否正当合规；是否建立了有效的固定资产台账或卡片，是否专人负责，账账、账实是否定期核对并相互一致，是否存在账外资产；是否按规定程序处置国有资产，处置收益是否按规定进行管理和核算，是否存在未入账的固定资产使用收益。此外，结合审计机关内部控制程序，检查审计机关是否建立了经费支出报销审批制度、个人借款清欠偿还制度、固定资产使用保管制度等内部管理制度，以及这些制度是否得到有效贯彻执行。 三是对审计机关审计事业投入和发展情况进行审计。主要是调阅审计机关的相关会议纪要、会议记录和工作总结等文件资料，采用询问、调查、座谈等方式，结合审计机关人事部门、会计部门提供的资料，反映审计机关领导干部任职期间，在审计事业的投入和发展方面所做的主要经济工作。首先是审计机关在基础设施方面的投入。包括办公大楼的建造、更新、改造等基本支出，办公自动化投入或者维护、办公环境的绿化投资、环境卫生设施等投入；其次是计算机辅助审计方面的投入。包括用于辅助审计的计算机硬件的更换和改造，计算机辅助审计的软件开发和升级，以及计算机辅助审计在推动国家审计署金审工程建设方面的成果和成效情况；再次是在审计干部后续教育方面的投入和成效。主要反映领导干部任职期间，在安排审计干部学习新出台的财政、金融、税法等法律法规制度、参加更高层次的审计理论和审计业务能力培训等方面的投资，以及通过后续教育，审计干部审计业务水平和理论水平达到的程度和效果。 四是对审计机关审计查处和收缴情况进行审计。首先从审计机关内部管理制度入手，审查审计机关是否建立了审计决定文书专人或专职机构登记管理制度，是否建立了审计决定文书的登记台账，反映审计机关年度内应收缴被审计单位违纪问题的入库金额；其次从财务会计部门提供的资料入手，检查审计机关年度内实际收缴金额情况，将实际收缴金额和应收缴金额进行比较，剔除不可比因素后，计算审计决定收缴比率；再次，从审计罚没收缴款的管理、上缴和结余等情况入手，检查罚没收缴款是否按同级财政部门指定的账户入账，是否真正执行收支两条线的管理制度，收缴金额是否足额上缴财政部门、收缴结余是否专门管理且未被挪作他用，审计罚没收缴款是否纳入单位财务部门统一核算和管理，是否纳入年度决算报告。 五是对领导干部本人遵守财经法规及廉政规定的情况进行审计。通过召开座谈会、发放调查表等形式，向领导干部身边的工作人员和部分中层审计干部询问了解被审计领导干部任职期间，完成经济监督工作以及遵守财经法规和廉政规定的情况。通过对领导干部任职期间，所在审计机关提供财务资料进行审计的基础上，如实反映领导干部本人存在的问题。
