（一）承担审计工作的审计主体缺陷。能够对高等院校行使审计监督职责的审计机构包括：国家审计机关、高校内部审计机构和社会审计组织等三种主要审计力量。这三种审计力量各有利弊，各自都有突出的优势和特点，又有明显不足。在目前情况下，没有形成合力，导致审计力量的严重不足，这是审计监督薄弱的最为根本的原因。 １．国家审计机关的缺陷。国家审计机关是对高等院校行使审计监督最为重要的力量，其优势非常明显：行使审计监督权力具有强制性，审计范围和审计内容具有很高的自主性，对审计事项作出的评价具有很高的权威性，实施审计工作所应用的审计技术手段、审计方式及审计思路有很强的先进性，作出的审计结论拥有严肃性，对被审计对象作出的审计决定有强制性，审计效果明显，审计影响力大。但是，国家审计机关又有明显的劣势，使国家审计机关不能有效地发挥对高校的审计监督作用。主要是： （１）审计人员力量严重不足。例如，根据目前审计管理体制，分布各地的中央部委所属７２所高校由审计署及其派出机构进行审计。由于地域因素，有的特派员办事处所在地区没有部属高校，而有的地区部属高校则很集中，个别特派办审计对象达到十个左右，而特派办同时还要承担大量其他行业的审计工作，根本没有足够的人员力量来完成对这些大型的综合性大学的全面审计工作。自１９９８年以来，国家审计署连续多年没有组织对高等院校的审计工作。２００４年，在全国范围内的高等院校审计中，审计署及其派出机构举全国之力也仅完成了对１８所学校审计，审计力量的短缺由此可见一斑。有些高等院校从来就没有接受过国家审计机关常规的财务收支审计。 （２）行业审计专业技术限制，对被审计单位内部情况不够熟悉。国家审计机关的审计对象面向全国，不同行业、不同领域、不同单位的审计都会有不同的专业特点，因此国家审计机关的审计人员不可能对每个领域的审计都有很高的专业审计技能和专业水平。相比内部审计机构和社会审计组织，国家审计对高等院校行业特点和学校内部情况熟悉和了解程度上，具有明显的劣势。 ２．高校内部审计的缺陷。高校内部审计最大的优势在于：对高等院校行业专业特点的了解和对学校内部情况的熟悉，这是国家审计机关无法比拟的。因而，内部审计工作更加深入细致，更加具有针对性。近几年来，高校内部审计取得了很大的发展，地位越来越重要，为各高校加强和提高管理水平发挥了重要作用，越来越被各高校的管理层所重视。但高校内部审计也有明显劣势，使内部审计发挥审计监督的作用有很大的局限性： （１）独立性差，审计内容和范围受到限制。高校内部审计受学校管理层约束，对学校管理层负责，因而审计独立性较差。虽然，相对于学校内部其他单位和部门，内部审计部门是有相对独立地位的，在维护学校内部纪律和管理规范方面能够发挥积极作用，但面临学校全局性的问题，对学校管理当局作出的决策无法作出有效合理的评价。此外，对审计的内容和范围，也受到学校管理层的约束和控制，不能根据工作的实际需要自主决定审计范围和审计内容。 （２）审计处理处罚权限受到限制，更多地服务于管理。从一定程度上说，高校内部审计是学校的一种内部管理行为，没有相应的处理处罚权限，审计意见不具备强制性。因而，内部审计的权威性不够高。内部审计组织更多的是通过审计发现和揭露管理中存在的问题，提出改进管理的建议，服务于学校的内部管理。 （３）审计手段欠缺，审计技术方法不够先进。如前所述，内部审计是一种内部管理行为，不是一种行政行为。因而，内部审计手段存在很大的限制。如，对其他关联单位的审计调查，对银行账户的查询，对有关当事人的调查讯问等都很难顺利进行。此外，与国家审计机关相比，内部审计组织在审计思维、审计理念和审计技术方法上存在一定差距，也一定程度影响了审计作用的发挥。 （４）层次不够高。受立场所限，内部审计组织分析和处理问题的层次还不够高，提出的问题主要集中在管理层面，对因为政策上、体制上、制度上的原因产生问题的分析不够。 ３．社会审计组织的缺陷。与国家审计和内部审计相比，社会审计具有很多独到的优势：拥有大量丰富的审计人力资源，审计人员审计专业能力突出，审计工作具有很强的规范性。近年来，各高校充分吸收社会审计机构参加学校内部经济活动的审计监督，发挥了很大的作用，是国家审计和内部审计的有力补充。尤其在高校基本建设审计领域，社会审计在工程招投标环节、工程造价控制环节能发挥很大的作用。但是，受到自身特点的制约，社会审计机构也有明显劣势，使社会审计机构同样不能独立完成对高等院校的审计监督。主要的劣势有： （１）受托审计，审计地位不够超脱。社会审计机构只有在接受高等院校和国家审计机关及其他国家机关的委托才能行使审计职能，所以它的审计范围和审计内容受到委托方的限制；审计目的和审计目标受到委托方的控制，审计标准必须尊重委托方的意见和要求，审计意见的发表必须征得委托方的同意，审计成果归委托方所有。因而，社会审计机构独立公正发挥审计监督的作用难以体现。
