目前我国高校内审工作存在的问题可以概括为： １、独立性不强：通常高校的治理结构是党委领导下的校长负责制，高校审计部门是辅助高校内部管理的机构，称之为“审计室”或“审计处”。业务上，审计部门接受主管财务的副校长管理并定期向其汇报工作，同时还接受国家审计机关和上级主管部门内审机构的业务指导和检查；行政上，内审部门与其他部门过甚密切的行政关系更难保证审计人员的独立性。据统计，教育部直属７１所高校中独立设置内部审计机构的有３５所，与财务处合署办公的有３所，与纪检部门合署办公的有３３所。 美国高校与中国最大的区别是内审部门的直接领导是校董事会，是对学校法人负责。虽然审计部门在规模上属于一个较小的单位，约１０人左右，但在高校组织结构中具有绝对独立的地位和作用。 ２、审计对象复杂化：高校经费来源越来越多元化，既有政府部门拨款、社会团体和企业的合作研究项目拨款，也有各种开展非独立经营活动取得的经营收入、对外投资收益、捐赠收入以及学费收入等。各种资金在财务上可以做到单独立项、单独核算，然而实际使用时很难分清一项经费支出的归属。如何既有效率又有效果地利用好这些资金，审计监督的力度还有待加强。 ３、审计风险加大：高校的审计风险主要来自三方面。第一，各种资金的提供者开始要求内审部门或外部审计机构对相关会计报表进行审计，一经发现存在弄虚作假、截留、挪用、挤占项目经费等违反财经法纪行为就会采取停止拨款、终止任务、追回经费等严厉处罚。为了规避风险，银行对账单及一些对外报表也纷纷要求内审部门进行审签，这无疑增加了内审人员的执业风险。 第二，自高校实施会计集中核算以来，逐渐确立了事业单位“大收入、大支出”的观念，实行全收全支的新收支管理模式，将所有来源的收入和支出全部纳入预算管理。预算内外资金统一核算，强化了会计监督。但是收支审计范围的扩大直接增加了审计的工作量，内审工作重点需要由过去的查错防弊和对内部控制制度进行评价的审计逐渐转变为“风险基础审计”。 第三，内审部门的工作通常来自于学校组织部和校领导的行政安排，审计人员大多数时候没有选择被审计单位的权力，因而风险高领域不能被及时发现。风险评估这一方法在美国高校内部审计中应用相当广泛。首先，学校被分为很多可以审计的独立单位。然后，对诸如规模、业务复杂性和外部环境等风险因素的影响进行评估。通过评估对这些单位打分，审计部门再基于这些风险评估结果决定审计哪些单位。低风险的单位只需定期进行有限范围的评论，审计部门通常将较多时间分配在高风险的单位。 ４、高校内审缺乏统一的组织机构：我国高校内审仍缺乏专业性指导，相关人才较为稀缺，内审人员又多是财会出身，内审工作很难应对教育系统内日益涌现的经济难题。一个全国性的、专业的教育系统内部审计协会亟待酝酿，以从事高校内部审计工作的探讨、教育系统内审规定的修订、对在岗内审人员的业务培训及后续教育，规范高校内审人员的工作。 在美国，大学内部审计机构通常会接受大学审计师协会（ＡＣＵＡ）的管理和协调，ＡＣＵＡ成立于１９５８年，是一个国际性专业组织，为美国及其它国家的５００家高等教育机构提供服务。美国高校内审部门审计人员不仅精通审计、学校的各项规章制度和财经管理办法，更要熟悉国家相关的法律法规，擅长高效率地平衡风险和控制。 ５、计算机审计技术应用的匮乏：信息应用对审计的有利效果是非常明显的。首先，在高校内部网嵌入审计程序，使计算机能对一些敏感和重要环节实施监控的情况自动记入审计文件，审计人员可以对所有收支项目进行跟踪审计。其次，高校内部审计部门利用已有的远程控制和被审计单位的财务软件，加上自主开发的限制性和保护性软件，可对各二级学院（系）、附属单位、校办企业实施远程实时审计。再次，充分利用网络具有的“快捷、交互”的特征，通过网页的形式实现审计信息的动态管理，扩大审计的影响力。由于计算机审计技术的广泛应用，对信息系统审计工作的要求随之增加。 针对高校内部审计的现状，根据内部审计的职能，随着高校规模的扩大和现代化管理水平的提高，我国高校内审的改革应该从以下几个方面着手： １、建立完善的高校治理结构，建立审计委员会。首先，构架以法人财产权为基础的高校法人治理结构，可以视为当前我国高等教育体制改革的一种初步思路。一方面，依法将国家或其它投资者（举办者）对高校的财产终极所有权同高校自主办学的法人产权相分离，前者通过国家宏观管理和社会有效监督来实现；后者通过高校依法对法人财产享有占有、使用、支配、处分权来体现。这既可巩固畅通的社会参与机制和筹资渠道，又密切高校、国家和社会经济的联系。另一方面，也促使高校依法在吸纳多方投资后形成独立的法人财产，成为国家或社会所有、高校自主经营和自求发展的独立民事权利和民事责任主体，在真正、完全意义上享有在国家政策引导、遵循教育规律下的独立办学自主权，并在此基础上构建新的法人治理结构。其次，重新审视董事会制，让董事会制真正体现改革的价值，发挥应有效用。再次，在职工代表大会下设立审计委员会，委员由职代会选举产生，监督并指导内部审计机构和人员的工作，内审机构同时向学校管理层和审计委员会负责并报告工作，审计委员会督导内部审计职能有效运行，建立一套适合本学校实际的内部章程、建立人员考评机制、审阅学校重大经济决策、检查内部控制制度、协调专项审计并督促审计结果的公告。审计委员会将从实质上大大提高内部审计的独立性和权威性。
