１．审计收费项目审批权限的合法性。对于政府性基金的征收，必须由财政部报国务院审批；对于行政事业性收费要严格执行中央和省两级审批的管理制度；对于其他行政事业性收费的征收或者将行政事业性收费转为经营服务性收费或调整收费标准等事项须经财政部、省级财政部门会同同级价格主管部门批准。因此，依据上述规定检查收费项目是否合法、是否存在擅自设立收费项目、越权审批收费项目或者将国家已明令取消的行政事业性收费或政府性基金以其他名义继续收取等问题。 ２．检查收费收入管理方式的合规性。在审计过程中，应严格按照财政部门每年发布的部门和单位行政事业性收费项目目录及将部分行政事业性收费、政府性基金纳入预算管理通知的相关规定，检查地方财政部门是否存在将应纳入预算管理的行政事业性收费项目仍按预算外资金管理和核算。 ３．审查部门收费收入执行分成管理政策的正确性。主要检查是否存在混淆入库级次、截留中央或上级财政收入的问题。如矿产资源补偿费、排污费等都要依据财政及有关部门规定的分享比例、入库级次进行核实检查。 ４．收费及罚没收入入库级次的检查。一般而言，收费及罚没收入入库级次与执收执罚部门或单位的财政财务隶属关系直接相关。如质量技术监督系统、食品药品监督系统、工商系统等垂直管理部门的收费及罚没收入均由省主管部门汇总缴入省财政专户或省级金库。在审计中要注意发现执收执罚单位是否利用与地方政府或财政部门的一些特殊关系或其他因素，将部分收费或罚没收入缴入地方国库，争取全额或较高比例返还，由此造成地方财政部门截留上级预算收入的问题。 ５．目前，各地各级财政实行了国库集中收付制度。审计时应注意检查执收执罚单位是否按规定将收入及时、足额缴入财政专户或国库，有无多头开户，截留挪用、隐瞒、转移收入，坐收坐支执收执罚资金等问题。 ６．收费票据使用、管理的审计。各级财政部门负责各项行政事业性收费票据的印制、发放、核销、检查及其他监管工作。除财政部另有规定外，执收执罚单位收取的各项收费，必须严格按照财务隶属关系分别使用财政部或省、自治区、直辖市财政部门统一印制的票据。因此，收费票据的审计是“收支两条线”审计的一项重要内容。通过对票据管理、使用、核销情况的审计，从源头上防止乱收费，堵塞行政事业性收费收缴中存在的漏洞。 ７．审查收入的合法性。应以法律法规为依据，对照其收费许可证批准的收费项目，检查各项收费的批准机关、批准的收费标准和收费范围；审计其是否按规定征收，有无擅自设立收费项目、提高收费标准、扩大收费范围或以代理、合伙收费形式逃避财政监管等诸多问题，是否做到了应收尽收；对于收缴的款项，是否做到了罚缴分离；有无使用普通票据收费，收入不入账，形成“小金库”问题；有无擅自将行政事业性收费转为经营性收费，自收自支等问题。
