对这次选举有各种各样的批评，最重要的原因是提名办法不佳，有些可能当选的学者根本没有被捉名，“令人无从选出，颇有遗珠之感”。如杨钟健就提出地质学方面发现北京人化石的裴文中就应当选，但没有被提名。朱家骅也说：“各院校、各研究机关、各专门学会所提名者，其主持人往往谦逊而提名他人，致本人未曾提出；或注意本机关人士，而未及其他人士，或注意其他人士，而未及本机构人士，或提名机构不合规定，以致尚有学术界著名人士，未经选入，弥引为憾。”（注：朱家骅：《国立中央研究院概况》，《朱家骅先生言论集》第95页。）也有人批评当选者与中研院同仁及有关人物过多，夏鼐先生分析表明，有21位院士就职中央研究院，其中13位所长中11人当选。他说： 中央研究院的所长和专任研究员，因为“近水楼台”的关系，他们的工作和贡献，院中同人自然比较熟悉。又加以人类到底是感情的劝物，朝夕相处的熟人之间多少有点“感情”的关系。所以同等成绩的学者，也许是院内的人比较稍占便宜。（注：夏鼐：《中央研究院第一届院士的分析》，《观察》第5卷第14期。） 因此，他提议说：“为着‘避嫌疑’及延揽院外人才起见，也许需要采取一种政策，如果遇到有同等成绩的学者，优先推选院外者，以表示礼貌（Courtesy）”。 具体分析这份名单，只有朱家骅、王世杰、翁文灏、王宠惠等少数人物属于“政客”。但正如夏鼐所说，这些行政官僚，“他们所以当选，并不是由于做官的煊赫，实是由于他们在学术工作方面的贡献”。（注：夏鼐：《中央研究院第一届院士的分析》，《观察》第5卷第14期。）世杰、王宠惠在法学上，翁文灏在地质学上都有奠基作用。至于朱家骅，杨钟健回忆说地质学当选6名院士中，“独朱对于地质方面的工作太少。然因别的原因（推进工作有功）而当选。此事为许多人不满。”（注：杨钟健：《杨钟健回忆录》，地质出版社1983年版，第167页。）汤佩松几十年后的回忆中还说：“至今我仍未得到一个问题的答案：个别院士是怎样被‘遴选’进来的？并且又如何‘当选’为第一任院长的？”（注：汤佩松：《为接朝霞顾夕阳》，载韩存志主编《资深院士回忆录》，上海科技教育出版社2003年版，第117页。其实朱家骅直到1957年在台湾被蒋介石逼迫辞职一直是代院长，也不是第一任院长。）朱家骅以“研究德国侏罗纪石灰岩、创办并主持两广地质调查所，奠定华南地质研究基础”当选院士，名不副实。他作为院士的著作目录上，仅有两篇博士毕业时代的论文，因此，以“研究家”名义当选院士，自然遭来非议。 根据中央研究院组织法，院士资格两大条件之一是“对于所专习学术之机关，领导或主持在五年以上，成绩卓著者”。自1940年蔡元培逝世以后，朱家骅代理中研院院长已八载有余，对中研院的发展及整个中国科学进步的贡献有目共睹。（注：关于朱家骅对民国科学技术的影响，参阅拙文《朱家骅的科学观念与国民政府时期科学技术的发展》，《近代中国》第14辑。）因此，如果朱家骅以院长这个职位而不以研究专家名义当选为院士，恐怕更令人信服。在一个角色日益专业化的时代，“科学家”这个名义是不容易担当的，是科学推进者就是科学推进者，是政府官员就是政府官员，要窜位到科研岗位或者其他位置，自然“名不正，言不顺。” 81位首届中研院院士群体，集中了中国近代学术发展的三代人，仅以科学技术方面（数理组与生物组）53名院士来看，既有中国近代学术的开创人，也有他们的学生，还有他们的学生的学生；年纪最大的是1883年出生的钱崇澍（65岁），年龄最小的是1911年出生的陈省身（37岁）。5位数学院士中许宝绿、华罗庚都仅比陈省身大1岁，他们不满40岁就当选为院士，可见当日学术界之风气。 具体分析这53名院士的当选资格，有吴有训、叶企孙、陈桢、戴芳澜、汤佩松、饶毓泰、曾昭抡、张景钺、苏步青、贝时璋、吴宪、林可胜、姜立夫、蔡翘、李宗恩、张孝骞、李书华、庄长恭、严济慈、吴学周、李四光、竺可桢、周仁、王家楫、翁文灏、杨钟健、秉志、钱崇澍、胡先骕、袁贻瑾、谢家荣、李先闻、邓叔群等33人两个条件都具备。其中仅以主持学术机关当选院士的可能有朱家骅、姜立夫、李书华、叶企孙、周仁和袁贻瑾等人。在《国立中央研究院院士录》的著作目录上，姜立夫只有1945年发表在《科学记录》上那篇用矩阵方法改写并发展了圆素和球素几何学的论文。李书华著作也仅1922年发表的论文两篇。（注：李书华被称为“政治科学家”。吴大猷回忆说李是一个非常好的绅士，回国后曾教过物理，但未做物理研究。吴大猷《吴大猷文选》第7册，第102-103页。）叶企孙分别为1921、1925年发表的论文2篇，都是学生时代的成果，回国后“即不研究特别问题”了。周仁亦仅1915-1937年间发表了3篇文章。袁贻瑾论文仅5篇，相比其他医学家如陈克恢论文225篇，实在是太少了点。 从当选81名院士及其当选资格看，这一院士群体确实是当时中国各门科学的代表人，“足以代表今日中国学术界的情况”。从其评选过程来看，基本上充分尊重了学者们的权利。政治意识形态并没成为先决条件，学术成就及其对学术发展的影响成为唯一标准，因此有郭沫若当选，表征了当时学术相对独立于政治的状况。当然，首届院士选举的学术性保证，与评议会组成成员的学术性密不可分。院士选举时聘任评议员中有王宠佑、吕炯、唐钺、张云、何廉等，当然评议员中张钰哲、赵九章没有当选，有些人甚至没有成为候选人。可见只要一切从学术出发，有时“近水楼台也得不到月”。
