1927年5月5日，南京国民党中央执行委员会常务委员会及各部部长第八十八次联席会议正式通过的《清党委员原则六条》，除了指定邓泽如、吴倚沧、曾养甫、何思源、段锡朋、冷欣、郑异组织中央清党委员会外，还决定要加强对党员质量的控制。不仅对所有党员都要经过三个月审查，尤其要在“清党”时期停止发展新党员，以防不良分子乘机混入。文件第一次明确规定：“土豪劣绅贪官污吏投机分子反动分子及一切腐化恶化分子，前曾混进本党者一律清除。”（注：《清党委员原则六条》，1927年5月5日，上海《民国日报》1927年5月7日，第1张第3版。）随即，中央清党委员会依据“原则六条”，拟定了组织大纲和“清党”条例，并经第八十九次联席会议通过。（注：《中央清党委员会组织大纲》，1927年5月8日，转见《清党运动特刊》，国民革命军北路军总指挥部兼三十七路军政治部印，附录第14页；《清党条例》，1927年5月10日，上海《民国日报》第3张第3版。）紧接着，中央清党委员会先后指派了各主要省市的清党委员，制发党员审查表、党员半月工作报告表及党员登记册等，交由各省市清党委员会分发全体党员照式填写，严密清查。省市以下则或停止党部活动，候命审查；或指派特派人员实地考察监督，但一律明令规定8月底清查完竣，9月30日以前将各地审查结果报告中央。（注：《中央清党委员会委任务省各市清党委员》，上海《民国日报》1927年5月27日，第3张第4版。） 在把土豪劣绅等列入清除对象的同时，南京国民党中央则公开把西山会议派引为同志，宣布：“因纯粹反共而开除党籍之同志林森、张继、谢持、居正、邹鲁、石瑛、覃振、石青阳、茅祖权、沈定一均应先行恢复党籍，俟第三次全国代表大会开会时追认。”（注：《中国国民党中央执行委员会常务委员及各部长第九十七次联席会议纪录》，1927年6月7日，转见李云汉：《“上海中央”与北伐清党》，《中国国民党党史论文选集》第4册，第694页。事实上，自“清党”运动开始，蒋介石等即不以西山会议派为对手。其所谓封闭环龙路44号西山会议派中央之宣布，亦从未实施过。参见居正：《清党实录》（下），第280页。）不仅如此，包括对于此前与国共两党观念上冲突甚多的国家主义派，胡汉民等亦公开宣布：“打倒国家主义派”的口号应当废止，因“彼有何罪”？并主张对国家主义派当“包涵之，纠正之”。（注：《胡汉民同志演讲不要再上共产党的当》，1927年5月16日。其实，第一期“清党”因其范围不过沪宁及苏、浙、皖、闽、粤数省市，其部分党员虽反感国家主义派，一度有鼓噪和乱扣帽子的情况，但亦未见有组织地采取过直接针对国家主义派的行动。）而新加入之清除对象，即所谓“土豪劣绅贪官污吏投机分子反动分子及一切腐化恶化分子”，按照中央清党委员会随后之解释，恶化分子仍是指共产党，腐化分子则是指土豪劣绅、贪官污吏等。（注：《中央执行委员会常务委员及各部长第一百零四次联席会议》，1927年7月5日，台北党史馆藏，2.3/122。）换言之，第二期“清党”，已将原本在第一期就未受到打击的西山会议派及国家主义派公开排除出打击对象，所增加者，不过更强调要打击“土豪劣绅”和“贪官污吏”而已。 那么，第二期“清党”是否着力清除过土豪劣绅和贪官污吏呢？显然没有。因为再明显不过的是，这个时候南京国民党连谁是共产党都弄不清楚，只能靠检举、揭发和有无过激言论来定性，所谓“土豪劣绅”、“贪官污吏”，更是毫无标准可循，不过便利于内讧与自残，徒增无穷纠纷而已。 如安徽郎溪县前县党部夏雨初、祁光化、韩仁举等，“清党”前办党，动用县款举办种种活动，并指乌惠南、王景周等为土豪劣绅，发动民众，将其打倒。“清党”发生后，县党部停止活动，乌惠南、王景周等遂在县府支持下，指夏、祁、韩等假办党之名，贪污挥霍县款，实属贪官污吏，不仅将祁、韩等投入监狱，通缉在逃的夏雨初，而且要夏、祁、韩等家属全额赔付。（注：《前安徽郎溪县党部执行委员夏雨初上国民政府函》，1927年6月，中国第二历史档案馆藏国民政府档案，一（2）145。） 如广东南雄县县长邓惟贤，因与县党部王成章等矛盾重重，相互指责，纠纷已久。邓被迫离开南雄，受命赴赣东办理招抚事宜，王成章等即以贪污罪名控告邓畏罪潜逃，监察院亦随即下令通缉。邓不服，控告王成章为“共党”，王之同伙县教育会会长邓功伟等为土豪，南雄县党部又被停止职权。但南雄县党部亦绝不接受，发动民众举行抗议行动，又是通电，又是上书，罗列事实，为自己正名，闹得沸沸扬扬，不可开交。（注：《邓惟贤呈文》，1927年7月7日；《中央执行委员会秘书处致国民政府函》，1927年7月14日；《广东省党部复南雄县党部电》，1927年4月5日；《南雄各界大请愿宣言》，1927年7月等；均为中国第二历史档案馆藏国民政府档案，一（2）179。） 又如江苏东台县，党部控告缪步青侵吞公款，是为劣绅，由县拘捕。驻军二十六军一师随即出动士兵包围县署，从狱中将缪劫去，旋奔党部，由缪步青账房张宝山等指示绑走党部特别委员蔡悔予，职员叶华、朱璧、缪楚佩四人，指为反动分子，解赴南通，且沿途拷打，并准备不日处死。东台县特派员急报南京中央联席会议，会议只能议决：请总司令转令该师师长放人，并将缪案送南京审理。（注：《中央执行委员会常务委员及各部长第一百十次联席会议》，1927年7月29日，台北党史馆藏，2-3/122。） 由上不难看出，南京国民党人以武力夺权，原本内外矛盾纠葛就多，提出“土豪劣绅”、“贪官污吏”的罪名，反而便利了地方上各种势力之间，在找不到证据将仇方打成共产党的情况下，又多了种种便于将仇方置于死地的借口。更何况，“清党”以前，原本地方上借助于北伐军兴向当地统治阶层兴师问罪的激进青年甚多，南京国民党地方或党、或政、或军，又往往是靠帮会组织乃至于地方豪强来夺取权力、维持秩序和保证田赋租税之收入的，其间的谅解通融，甚或狼狈为奸正多。不仅清除土豪劣绅之类不易为，凡曾有过与地方旧势力冲突之行为者，不论党员或党部，此时亦多遭不测。
