客观地讲，要使内部审计机构真正发挥其职能，比较理想的领导关系当属直接隶属于董事会。这样，内部审计机构的独立性才是最强的，权威性也最大，工作也较容易开展。中国证监会１９９７年１２月发布的《上市公司章程指引》第八章第二节规定："公司实行内部审计制度，配备专职审计人员，对公司财务收支和经济活动进行内部审计监督。公司内部审计制度和审计人员的职责，应当经董事会批准后实施，审计负责人向董事会负责并报告工作。" 但是，由于董事会实行集体讨论决定制，某种程度上会影响内部审计的正常进行。因此，现在许多跨国公司以及中国的一些上市公司比较通行的做法是内部审计机构直接隶属于董事会，董事会下设审计委员会，内部审计机构向审计委员会报告工作。 中国证监会、国家经贸委２００２年１月发布的《上市公司治理准则》第三章第六节规定，董事会审计委员会是董事会按照股东大会决议设立的专门工作机构，直接对董事会负责。审计委员会成员全部由董事组成，其中独立董事应占多数并担任召集人，委员会中至少应有一名独立董事是会计专业人士。 《上市公司治理准则》中规定的审计委员会职责是："（１）提议聘请或更换外部审计机构；（２）监督公司的内部审计制度及其实施；（３）负责内部审计与外部审计之间的沟通；（４）审核公司的财务信息及其披露；（５）审查公司的内控制度。" 从内部审计机构的领导关系来看，这种模式的内部审计机构的独立性是比较强的。具体而言： １．审计委员会是董事会按照股东大会设立的专门工作机构，直接对董事会负责，具有足够的权力，能够保证内部审计机构切实履行其职责。由于审计委员会成员中的大多数是独立董事，相对于企业的高级管理层来讲，是企业的"外部人"，与企业没有直接的利益冲突。作为一个团体的独立董事在参与决策时，遇到重大问题时内部可以商量，并形成审计委员会的意见，最终能对董事会的决策施加较大的影响。而且委员会中至少应有一名独立董事是会计方面的专家，有丰富的执业经验，能够为企业提供专家支持。这就从制度上保证了审计委员会成员履行职责所必需的条件和专业素质。 ２．内部审计机构负责人（部门经理）直接向审计委员会报告工作。内部审计机构负责人（部门经理）通过每年定期向审计委员会报告工作，客观上有助于保证其独立性，实际上也保证了内部审计机构与董事会之间的交流和沟通。 ３．内部审计机构可以成为审计委员会履行职责的主要组织。内部审计机构的一项重要职责就是评价公司的内控制度及其执行情况，而这也是审计委员会的主要职责。因此，审计委员会完全可以利用内部审计机构的工作成果，达到审查公司内控制度的目的。 ４．内部审计机构直接隶属于董事会，可使内部审计机构从年度审计计划、人员计划和部门预算等方面得到充分保证。如果在年度审计计划、人员计划，特别是部门预算（主要是审计人员薪酬）等方面得不到充分的保证，作为"企业人"的内部审计人员往往会过多地考虑与企业和高级管理层协调好关系而影响其客观公正的发表意见。比较理想的方法是将内部审计机构的部门预算列入公司董事会预算中，内部审计人员的薪酬等直接由董事会或审计委员会决定。这样可不受制于企业的高级管理层，从而就能从根本上解除内部审计人员的后顾之忧，更好地发挥职责。 比较理想的组织模式应该是：机构设置略高于企业内其他职能部门，行政上隶属于董事会，业务上向董事会审计委员会报告工作并受其指导，以保证有较强的独立性和权威性开展审计工作。
