国库集中收付制度是以国库单一账户体系为基础，资金缴拨以国库集中收付为主要形式的现代财政国库管理制度，根据近年来的审计实践和这项改革的初衷，国库集中收付审计应突出以下四个重点： 部门预算编制的审计 国库集中收付制度改革顺利实施是以部门预算制度改革为前提条件的，因此，国库集中收付审计应以审查部门预算编制为切入点，了解相关部门、单位部门预算编制情况，掌握部门预算编制的口径、范围，着重对部门预算编制的完整性进行审计。审计内容主要是：（１）部门预算编制是否体现综合预算的原则，部门组织的各项收入、安排的各项支出及上年结余是否统一纳入部门预算；（２）二、三级预算单位是否纳入部门预算编制范围；（３）是否建立健全科学规范的预算定额和项目库；（４）部门预算的编制是否细化和规范。同时应了解暂时在现阶段未纳入部门预算的专项资金收支状况和运作模式，对其资金分配及资金收付流转环节进行审计，从而根据部门预算编制情况及不同性质和用途的专项资金，确定国库集中收付审计重点和审计方法，为下一步审计做好准备工作。 银行账户管理及清理情况的审计 国库集中收付制度的基础是建立了国库单一账户体系，财政一般预算资金、财政基金预算资金以及由财政专户管理的预算外资金等，均应通过国库单一账户体系统一存储并实行财政集中支付。目前国库单一账户体系由国库单一账户、财政零余额账户、预算单位零余额账户及预算外资金财政专户构成，建立国库单一账户体系后，应相应取消各类收入过渡性账户及预算单位基本账户，否则将难以达到国库集中收付制度改革的最终目标。因此，对银行账户管理和清理情况审计是国库集中收付审计的关键。审计内容主要是：（１）预算单位银行账户的开设、变更和撤消是否报经财政部门批准，按照规定程序和要求办理，有无多头开户、账外开户等问题；（２）财政零余额账户和预算单位零余额账户是否每天结清、余额为零；（３）财政零余额账户是否存在提取现金现象，预算单位零余额账户提取现金是否在控制范围和限额内；（４）一个预算单位无特殊事项是否按规定要求只开设一个零余额账户；（５）预算单位零余额账户是否存在违反规定向本单位其他账户、上级主管单位、所属下级单账户划拨资金；（６）预算单位银行账户清理是否到位，是否保留和使用除专用账户外的其他核算账户。 国库集中收付资金缴拨的审计 现代财政国库管理制度下的资金缴拨是以国库集中收付为主要形式的，是对财政性资金运行方式的根本性变革，因此，对财政部门和预算单位资金缴拨的审计应该成为现阶段国库集中收付审计的重点内容之一。审计内容主要是：（１）财政收入收缴方式是否根据财政国库管理制度的要求，取消原来按隶属关系层层上缴的做法，按照直接缴库和集中汇缴方式，由缴款单位、缴款人或征收机关依据有关法律、法规、政策规定，直接或汇总将应缴收入缴入国库单一账户或预算外资金财政专户；（２）预算单位历年预算内、外资金结余及多渠道筹集待用的资金是否缴入国库单一账户或预算外资金财政专户，统一纳入国库集中收付体系；（３）财政部门拨付预算单位的资金是否全部纳入国库集中支付体系，有无在体系之外拨付资金的现象；（４）财政性资金的支付是否依据预算、月度用款计划、项目进度和规定程序办理，有无无预算、超预算拨付或使用资金，有无自行扩大预算支出范围和用途拨付或使用资金，有无在月末或年末将预算结余资金拨付预算单位，未保留在国库单一账户之中，形成资金沉淀；（５）财政国库支付执行机构或预算单位是否通过财政零余额账户和预算单位零余额账户，直接将财政性资金支付到收款人（商品、劳务供应者）和用款单位账户；（６）预算单位有无伪造、变造或提供虚假合同、支付申请、收款人及其账户等其他手段，骗取财政性资金；（７）因收款单位账户名称或账号填写问题等原因而造成资金划拨错误，是否及时将资金原渠道退回财政零余额账户或预算单位零余额账户，并恢复相应的支付额度，并根据实际需要，重新办理支付手续；（８）预算外资金是否严格遵守收支两条线的规定，确保资金的专款专用。 国库集中支付的支付方式、支付程序审计 国库集中支付按照不同的支付主体，对不同类型的支出，分为财政直接支付和财政授权支付。审计内容主要是：（１）财政直接支付和财政授权支付范围划分是否符合有关文件精神，对于符合直接支付条件的支出，是否采取授权支付方式，是否存在财政授权支付范围过广、金额过大的现象；（２）财政直接支付和财政授权支付是否按规定的支付程序办理；（３）财政部门是否根据年度支出预算和分月用款计划，合理调度资金，办理财政直接支付业务，下达财政授权支付额度；（４）预算单位在发生财政直接支付支出时，是否按照批复的部门预算和财政直接支付用款计划办理支付事项；（５）预算单位是否按照财政部门授权，在批准的月度用款额度内开具支付令，是否存在超额度拨款问题。
