一、从审计土地出让合同入手。国土资金的整个运作过程涉及到国土资源部门的各职能处室，要搞清楚国有土地使用仅有偿使用收入的详细情况，必须从审计其运作源头——土地出让合同入手。通过详细核对土地出让合同，可以搞清楚当地政府当年的供地面积和土地出让面积，以及征地面积；可以审查土地出让的面积是否准确，有无越权审批现象；建设用地的立项是否合规；土地是否有低价出让的行为；土地出让运作是否规范，是否做到公开、公平、公正，有无暗箱操作行为；国有土地使用权出让有无按规定缴纳契税；在征用土地过程中手续是否完备、合法，有无截留、侵犯失地农民的利益等方面的问题。 二、从审计用地指标入手。通常每一个地方的用地指标有三部分组成：上级下达的用地指标、土地整理折抵指标和外购储备用地指标。通过对用地指标的审计，可以搞清楚土地出让是否有未批先用现象；土地整理运怍是否合规、合法，有无多提、多列费用，整理过程中的有关残值是否全部入账；在外购和出让用地指标时是否合规、合法，有无违反财经纪律的行为等。 三、从审计国有土地出让登记台账入手。通过对土地出让登记台账与合同和出让金收入财务明细胀的核对，可以搞清楚土地出让的时间、土地出让金收交及欠款情况，相关人员在土地出让运作过程中的责任；可以搞清楚耕地占用税的缴纳情况；财政部门有无越权减免耕地占用税现象；以及国土资源等部门对土地出让金的管理及内控制度情况等。 四、从跟踪审计建设用地项目档案入手。通过对建设用地项目档案的跟踪审计，可以搞清楚建设项目立项是否合规、合法；国有土地的征用、出让各个环节是否合规、合法；各项手续是否完备，档案的资料是否真实；整个建设用地项目运作过程是否有人为操纵行为和其他方面的原因等。 五、从延伸审计经济开发区土地使用情况入手。这几年各地都建立了许多大大小小的经济开发区，在经济利益和政绩的驱动下，不少开发区都存在许多土地出让及管理上的违规问题，再加上当地国土资源部门很难对经济开发区进行直接管理，因此开发区是土地及出让金管理上的一个盲点。通过对开发区土地使用情况的延伸审计，可以搞清楚开发区的管理现状，理顺国土资金的管理关系，进一步有序规范土地市场，加大对国土资金的监管力度。
