２００３年这１８所高校收取未经批准的进修费、ＭＢＡ学费等６４４２７万元，国家明令禁止的费用６０１０万元，自行设立辅修费、旁听费等７３５１万元，超标准、超范围收费的学费、住宿费等５２１９万元，强制收取服务性、代办性收费３２８４万元，重修费、专升本学费等５５４万元，共计８．６８亿元，比上年增长３２％，占当年全部收费的１４．５％。从审计情况分析，部分高校在招生入学这一环节中违规和不规范收费的现象尤为严重。 不少高校大规模进行基本建设，造成债务负担沉重。截至２００３年末，１８所高校债务总额７２．７５亿元，比２００２年增长４５％。其中基本建设形成的债务占８２％。 审计还发现１４所高校未将科研收入、收费、投资收益等６．１６亿元作为收入管理，有的甚至滞留在所属单位坐收坐支。有些科研课题经费管理不规范，截至２００３年末，１３所高校有１７３９７个科研课题已结题但未按规定结账，结存资金３．６９亿元仍分散滞留在已结题项目，未发挥效益。部分校办企业管理不严，违法违规问题较为严重。如清华大学所属北京清华阳光能源开发有限责任公司原总经理在１９９５年至２００３年３月间，授意公司财务人员隐瞒销售收入，私设“小金库”２１３８万元，并以发放奖金、对外投资和支付合作方红利等名义支取大量现金。
