１．审计人员方面存在问题使审计质量保证难 目前经济责任审计人员数量不足且有些审计人员素质低。根据中共中央办公厅、国务院办公厅１９９９年２０号和２０００年１６号文件规定，列入国家审计署直接经济责任审计范围的党政机关和国有企业多达７３５个，而国家审计署只有４５０余人，还要承担大量其他审计事项，审计力量严重不足，地方审计机关的情况也基本如此。审计机关普遍感到压力很大，不堪重负。美国俄拉克马大学学者米歇尔·坎普的一份研究资料表明，一个审计组织人员规模的大小对提供审计服务质量有着重大的影响。 审计人员素质目前还难以适应经济责任审计工作的需要。有些审计人员的业务素质和职业道德素质较低，知识面比较窄，不能适应新的情况。如果要审计涉外企业还需要另外聘请翻译和懂国际法律会计知识的人员，而精通外语人员又大多不懂审计和会计专业知识，更增加了审计的难度。此外，由于经济责任审计的对象主要是干部个人，一旦查出了问题追究起责任来，上下左右的说情者或明说或暗示，甚至封官许愿搞感情投资，凡此种种，往往使审计人员原本就很薄弱的职业道德将经受更加严峻的考验。 审计人员的风险意识不强。我国大多数审计人员缺乏审计的风险意识，有的甚至根本意识不到审计风险的存在。随着人们法律意识和经济意识的增强以及对审计结果依赖性的增强，必将对审计人员的素质提出更高的要求，同时也增加了审计工作的风险。经济责任审计是比财务审计更加复杂的一种审计，要求审计人员有更高的业务素质、更强的风险意识。 ２．企业经济责任审计对象的特殊性使经济责任认定难 企业经济责任审计的对象是国有企业及国有控股企业的主要负责人，其经济责任与所在单位情况是紧密相连的。如果对其所在单位的财政财务收支和有关经济情况搞不清，就很难进行经济责任的认定和评价；而对个人经济责任进行评价又需要界定清楚个人责任，界定个人责任又涉及到历史的与现实的、主观的与客观的、自主决策与集体决策以及环境等因素，因而审计对象行为载体的复杂性和广泛性也加深了经济责任审计的难度。 ３．被审计单位存在的问题 当前企业财务信息失真，企业经营成果不能正确反映已成为普遍性问题，企业虚盈实亏、虚亏实盈等人为调节利润现象时有发生、尤其是一些效益差的企业潜亏问题十分严重。如已经发生的费用和已经形成的财产损失长期挂账；企业对外投资无收益回报；待摊费用、无形资产及递延资产不按规定期限摊销；虚增虚减收入等都是影响企业盈亏真实性的重点审计内容。这些潜盈、潜亏项目的确认，给经济责任审计增加了难度。 ４．经济责任审计评价标准和评价指标确定难 经济责任审计的对象千差万别，甚至是同一项目，会有多种不同的衡量标准，采用不同的衡量标准，得出的结论会有天壤之别。这使得每开展一项经济责任审计，审计人员都必须在现场审计开始前就衡量绩效的标准问题，与被审计单位进行协商或者寻求一种公认的、不存在异议的评价标准。因此，衡量标准和评价指标的确定难，给审计人员客观公正地提出评价意见造成了困难。 ５．经济责任审计的法规制度不健全、不配套 中共中央办公厅、国务院办公厅于１９９９年５月２４日印发了《县级以下党政领导干部任期经济责任审计暂行规定》和《国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行规定》（以下简称《两个暂行规定》），虽然这《两个暂行规定》的出台在全国范围内进一步规范了任期经济责任审计行为，但是仍然满足不了快速发展的任期经济责任审计评价的需求，《两个暂行规定》都缺乏可操作性规范，而现有的一些操作性规范又操作性不强，审计人员难以掌握，使得审计人员在审计工作中缺乏明确的指导，导致一些审计机关出具的审计报告中的评价在评价内容、评价指标和标准、评价方法、评价用词等方面不够规范。这使得在审计工作中容易出现两种情况：一种是评价空洞，无深度广度；另一种是对不属于任期经济责任审计评价范畴的事项也进行了评价，这两种情况都会造成或加大审计风险。
