(一)对效益审计缺乏正确的认识 有人认为，效益审计是一种高深的、与目前的财务收支审计千差万别的审计工作，实施效益审计难度很大，或者认为开展效益审计的条件尚未具备，目前不适宜搞效益审计。一些审计机关对如何开展效益审计感到模糊，对效益审计的目标、内容等方面一知半解，对效益审计路子怎样走很不明晰。而审计人员面对新的任务，容易产生畏惧的情绪，怕目前掌握的知识无法胜任效益审计工作等。这些都是对效益审计认识不到位、不准确的表现，会影响效益审计的推行，影响效益审计的质量和效果。此外，目前政府和社会各界对效益的认识和关注仍然不足，如权力机构(立法机构)对效益未引起高度重视；财政部门从编制预算至拨款，只看钱花得正确与否和有没有按预算来花，对于钱花得是否科学、合理、有效，则考虑得较少；行政部门缺乏效益意识，从申请拨款到支出，只管按项目预算办事，考虑资金支出的经济效益和社会效益方面较少；公众的参政意识和民主意识不高等。在这种情况下，效益审计要取得政府和社会各界的重视和支持、被审计单位的理解，尚需要一定的时间，使效益审计在推行中难免会遇到各种不支持、不理解、不配合的抵触情绪，受到一定的阻力和压力。 (二)开展效益审计缺乏一套完整的审计规范 主要表现在： (1)实施效益审计缺乏具体的法律法规依据。我国现行的审计法规，《审计法》只在总则中对效益审计作出总括式的规定，而其他审计法规涉及效益审计的内容也很少，有的是针对财政财务收支涉及效益方面的审计作出规定，有的只是略提一两句。目前为止，没有一本专门针对效益审计的法规，对效益审计职能范围、内容，审计机关、被审计单位和其他有关单位在效益审计的具体权利和义务，以及有关单位和人员的法律责任等方面作出具体的规定，使开展效益审计缺乏充分、具体的法律法规依据，大大增加了审计风险。 (2)开展效益审计缺乏相应的规范指导。目前，在审计署制定颁布的众多的具体准则、实施办法等审计规范中，尚未有如效益审计准则(或实施办法)之类的审计规范，效益审计实施的程序、审计准备、审计实施、审计取证、审计结论的质量要求和控制、审计成果的运用等方面工作缺乏规范和指导，使开展效益审计工作带有一定的随意性，降低效益审计质量。 (3)尚未有一套完整的效益评价指标体系。由于效益审计涉及部门、行业较多，不同部门、不同行业的经济效益标准各异，有的甚至有天壤之别，很难形成公认的科学合理的评价标准；即使是同一行业，由于我国经济发展地区差异较大，行业主管部门制定的效益标准在应用中也经常出现不适用、不符合客观实际的情况；一些经济活动，如政府公共工程、利用社会资源项目的效益，特别是社会效益，难以通过量化进行考核。因此，目前难以形成一套能合适衡量和评价效益好坏的评价指标体系。而各审计机关普遍缺少对公认先进的效益标准数据的积累，审计工作难以通过纵向和横向比较来评价被审计单位效益优劣状况。效益审计评价标准的难确定，为审计人员作出客观公正、科学合理、令人信服的审计评价带来极大困难，一定程度上降低效益审计结论的公信力。 (三)一些社会经济因素制约了效益审计的开展 主要表现在：一是当前我国法制处于不断健全和完善的阶段，财经领域中弄虚作假、挤占挪用、贪污腐败等违法违规行为还比较普遍，在某些领域还相当严重。查错纠弊、惩治腐败、促进规范和管理仍然是审计机关的首要任务，这既是政府和人们对审计工作的期待和要求，也是现阶段审计工作服务经济发展的需要。在审计目标上制约了财务审计向效益审计转变。二是目前市县财政体制改革处于不断完善的过程中，政府管理经济的“越位”问题尚未得到有效的解决，一些属于竞争性的投资项目或专项支出项目，仍是由政府决策、实施和管理。而这些项目又往往是效益审计重点，审计人员不可回避地对政府的决策、实施和管理情况进行评价。三是会计信息失真是我国当前经济管理中存在的突出问题，无论是财务收支审计还是效益审计的结论都是建立在真实的会计数据之上，没有真实会计数据为基础的效益审计，尤如无源之水。为此，审计机关在开展效益审计中，不得不将大量的精力放在真实性审计上，在审计力量上也大大制约了效益审计的开展。 (四)审计成果的运用存在较大的困难 目前效益审计在审计成果运用方面会面临几方面的困难：一是从目前财务收支审计的审计结果落实情况来看，除了具有强制性的审计决定得到较好的执行外，涉及纠正错误、健全制度、加强管理方面的审计意见落实效果不佳，甚至有的被审计单位只做面上功夫，敷衍了事。二是目前除了审计署和个别省市初步实施了审计结果公告制度外，大部分地方审计机关尚未建立审计结果公告制度。即使对外公布审计结果，公布的形式也较为单一，依靠社会舆论的力量促进审计结果落实仍很有限。三是由于目前效益审计正处于探索阶段，各方面条件的局限，经验不足和专业知识薄弱的审计组所提出的审计建议难以保证有一定的高度和深度，一定程度上影响了审计建议的可执行性。四是审计机关与被审计单位尚未建立有效的合作机制来促进审计建议落实。 (五)审计队伍建设未能很好地适应效益审计需要 效益审计对审计人员的素质要求更高。目前，习惯于传统财务收支审计的审计人员知识面较为狭窄，宏观管理和微观管理知识薄弱，审计思维较为陈旧，审计方法单一，审计手段较为落后。而且审计队伍结构不够合理，知识结构较为单一，会计审计方面的人才较多，宏观经济管理、社会管理、法律、计算机方面的专业人才缺乏；中低层次的人才较多，高层次的人才较少。审计队伍的整体素质不能满足效益审计的需要。
