一、企业所得税纳税人分类管理不尽科学。２０００年，国家税务总局出台了《核定征收企业所得税暂行办法》，（以下简称《暂行办法》），从运行情况看，明显存在３个问题：一是企业纳税人分类难。《暂行办法》规定“企业账目设置情况，收入总额核算情况，成本费用核算情况，账簿凭证保存情况，纳税人义务履行情况”５项均合格的可以实行纳税人自行申报、税务机关查账征收企业所得税；有一项不合格的可以实行核实征收企业所得税。在实行核实征收方式中又根据５项条件的合格程度分为按纯益率征收和定期定额征收２种办法。《内蒙古自治区企业所得税纳税人分类征收管理暂行办法》中还规定了３个类别企业划分的比例为５∶３∶２。如此规定实质上给税收征管中的随意行为埋下伏笔。如：某税务机关将某企业定为核实征收，以此方式征收了一些税款，实际该企业会计核算资料齐全，具备查账征收的标准和条件。而且该企业当年亏损，不但不应缴纳所得税，还应享受税收弥补亏损优惠政策，征收税款显然不尽合理。二是政策界线难掌握。如：某企业在查账征收与按纯益率征收两档之间，２００１年该企业实现收入１８９．５６万元，实现利润２４．７０万元。若查账征收，应缴企业所得税８．１５万元，税务机关在执法中将其划入核实征收，结果实缴企业所得税３．７５万元，二者相差４．４０万元。三是执法不严问题。自治区规定企业纳税人分类“如出现上、下两档难以界定的情况时坚持就低不就高的原则”。于是，一些收入高、成本费用小的中介组织定会一门心思去设法避开查账方式而按其他２种方式缴纳。执法人员在执法过程中一般也都会就低认定企业类别，导致税款顺理成章地流失。为此，审计机关建议：修订《内蒙古自治区企业纳税人分类管理暂行办法》，取消不科学的比例规定和“就低不就高的原则”等柔性政策，使纳税人没有空子可钻，科学制衡税收执法人员滥用职权的行为，加大执法力度，做到应收尽收。 二、税收窗口发票管理办法亟待完善。《中华人民共和国发票管理办法》规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位或个人均应索取发票，“不符合规定的发票不得作为财务报销凭证”，实行会计集中核算后要求更加严格。因此，从农牧民和小商贩手中购买商品或支付劳务就必须换取税务窗口发票。这样规定并不错，但由于管理不善，容易导致以下问题：一是形式合法了，内容虚假了。二是造成国家财政资金流失。从现象上看，如营业税税务部门只收到票面金额５％的税款，而票面９５％的财政资金却因表面形式合法而流入“其他渠道”，给国家造成巨大损失。三是造成企业税款流失。如：某企业在４年间利用单位职工的身份证并提供虚假证明，骗取税务窗口发票，记入生产费用，或按产值计提费用，提取现金等手段，虚列销售成本１７７．５４万元，造成偷逃企业所得税５８．６万元。个别党政机关、部门以窗口发票套取现金、建“小金库”，或企图它用的现象也明显抬头。为此，审计机关建议：直接与农牧民交易的可以不换税务窗口发票，但要内容详细，手续完备，以便审计或有关部门监督；其他换取税务窗口发票的必须保证所附原始票据的真实性；发票管理部门应严格执行规章制度且内控严密。 三、涉及偷逃税款问题不给审计收缴入库权法理不通。审计是一种独立于国家机关和企事业单位以外的高层次监督，但随着《税收征管法》的出台，使审计执法受到了限制，一是与《审计法》相悖。《审计法》规定：“对被审计单位违反国家规定的财务收支行为，审计机关、人民政府或有关主管部门在法定职权范围内，依照法律、行政法规的规定，责令限期缴纳应当上缴的收入，限期退还违法所得，限期退还被侵占的国有资产，以及采取其他纠正措施，并可依法给予处罚”。由此可以理解为，无论任何行政机关、企事业单位只要触犯了法律、法规，审计一经查实就有权依法做出处理处罚。而《税收征管法》第五十三条却规定：“对审计机关、财政机关依法查出的税收违法行为，税务机关应当根据有关的决定、意见书，依法将应收的税款、滞纳金按着税收入库预算级次缴入国库，并将结果及时回复有关机关”。从这里可以看出《审计法》与《税收征管法》在实际工作中发生了明显的碰撞，审计决定、意见的落实很难不打折扣。二是税务部门做为一个重要的财政收入单位，决不是高于《审计法》之外的特殊公民，税务部门的内部稽查，替代不了审计监督。从道理上讲，审计对偷逃税款行为不但应有处理处罚的权力，而且应视情况有权追究税务部门乃至税务人员的责任。取消审计追缴税款权会造成审计职能弱化，直接影响审计执法的严肃性、权威性，影响审计执法的独立性和完整性。从而导致个别涉税审计案件无果而终，半途而废。三是弱化了审计监督，为税务部门或个别执法人员的不作为提供了空间。为此，审计机关建议：修改《审计法》，完善《税收征管法》，使二者殊途同归，还审计在税务监督中独立的处理处罚权。
