（一）对内部审计地位和作用的认识不足，法制化、制度化、规范化尚在不断完善中。 １、审计机关管理方式改进不大。随着企业改革改制逐步到位，企业经营自主权和内部审计服务的内向性特点得到充分显现，审计机关还未充分发挥行业自律管理的作用。 ２、单位领导和审计人员没有正确认识内部审计的地位和作用。与西方国家自觉形成的内部审计不同，我国内部审计是以国家行政命令的方式自上而下组建起来的，许多单位领导，甚至内部审计人员没能正确认识到内部审计的地位和作用、认识到建立内部审计的必要性，以致有一些单位出现撤消已建立的内部审计机构行为，还有不少企业的内部审计实际上名存实亡。 （二）对内部审计职能和职责的定位未能随着形式的发展而转变。 西方内部审计最主要的职能是评价，而我国内部审计的最主要职能是监督。审计的主要目标是查错纠弊而不是对企业管理做出分析、评价和提出管理建议，审计的对象主要是会计报表、账册、凭证及相关资料，其主要工作都集中在财务领域而未深入管理和经营领域。因此无法对管理当局提出实质性和预防性的管理建议。 （三）内部审计内容单浅、方法落后。 １、在审计内容上，以美国为例，内部审计已广泛开展了企业发展战略和经营决策审计、投资效益审计、市场景气状况审计、物质采购审计、生产工艺审计、产品销售审计、研究与开发审计、信息系统审计与运行审计等。而我国目前还侧重于财务收支审计，对其他方面的内容还涉及不多或者没有涉及。 ２、在审计方法上，事后被动式审计比较多，事前、事中参与式审计比较少；账务基础审计比较多，制度基础和风险基础审计比较少；手工操作比较多，计算机审计比较少，导致审计的作用得不到充分发挥。 （四）内部审计缺乏高素质人才。 由于我国内部审计实务工作起步较晚，内部审计理论研究和人才培养相对滞后，内部审计人员素质参差不齐，大都缺乏系统的知识和丰富的实践经验，整体素质还不是很高，风险意识不强。
