在对企业集团这样的复杂系统进行审计时，由于人力、资金、时间有限，寻找良好的切入点、进行有效的组织分工十分重要。系统方法要求我们在审计过程中，整体、关联地把握一个大系统（企业集团）；认真研究大系统的等级结构，将之拆分成适当要素（次系统，企业或企业组）；对审计力量进行分组，一个小组对应一个或数个要素；以要素为基本单位进行审计；在完成对要素剖析的基础上，将精力放在要素的接口（集团内企业间的资金、物资、信息上的往来）上；注意大系统与外界环境间的交互（资金、物资、信息上的往来）；涉及对系统评价的，还要动态地对系统进行研究，客观地进行评价。 １．以要素为对象调配审计力量。审计人员的力量调配与软件开发十分类似。一个大型软件是一个复杂系统，要将之分解成模块，一组开发人员负责一个或数个模块，然后进行整合，以实现预定之功能。一个企业集团是一个复杂的系统，往往有一个核心、数个管理中心和一大批企业，审计人员必须对之进行适当的拆分，将企业集团的下属企业按关系紧密程度或类似程度分成若干组，作为大系统的要素；将人员分成若干个组，一个小组对应一个或数个要素（企业组）。另外，最好成立以指挥、协调为目的的"审计项目信息中心"和以被审计单位信息系统为审计对象的"信息系统审计小组"。 ２．以独立核算企业作为审计单元。一个企业实际上也就是一个系统，在这个系统中有生产、库存、销售、采购、会计等若干子系统。首先，审计人员要对各个子系统业务的真实性、合法性进行检查。然后，利用各个子系统信息进行检查。最后，对企业的接口、企业与环境的交互进行核对。与集团内部其他企业的接口信息在会计系统中核算的，可利用"集团会计信息查询再现软件"进行复核；与集团内部其他企业的接口不在会计中核算的或与环境交互的，审计小组可将其中重要部分反馈到"审计项目信息中心"，"审计项目信息中心"将信息转发至相关的审计小组或审计人员进行核查。 ３．注意集团内部企业间的往来。除了出于管理上所必需的，企业集团间的内部往来及相关科目往往成为违法违规交易的媒介和场所。所以，在对集团审计时，审计人员首先要关注大笔的资金进出和内部往来。由于会计信息不够精细的最大表现是"非原子性"（信息的合并，比如一个分录中会计科目核算数笔业务）和"非对应性"（一笔交易，两家公司会计分录中的金额完全不一样），我们必须利用计算机从总量上对集团中企业间交互进行把握，再从明细上进行核对，计算机无法核对的采取人工核对的方式。对不在会计信息中进行反映的，审计人员通过其他渠道对交互双方的数据进行核对。 ４．注意集团与环境因素间的"交互"。集团企业的物资、资金、信息与环境存在大量的"交互"。从系统的角度，要素（企业）与环境企业间的往来绝非要素（企业）本身的行为，而是系统（企业集团）的行为。所以，审计人员要从系统的角度，观察企业与环境的物资、资金、信息上的往来，特别是那些与环境间的大额往来。有些往来从企业的角度是没问题的，但从系统的角度，多绕几个弯，多问几个为什么，问题往往就会显现出来。
