１．缺乏环境审计的技术标准。审计机关进行环境审计需考虑确定技术标准，关键是要保证所选择的技术标准被公认为相关、完整和可操作。最高审计机关国际组织环境审计委员会的《从环境视角进行审计活动的指南》提出最好的办法是建立一套框架性理论基础，指导审计机关如何充分考虑审计的类型、审计标准的目的和来源建立技术标准。 环境审计涉及较广的专业知识，我国环境审计又刚起步，建立环境审计标准目前尚有难度，从而在实际工作中，对环境审计应采用何种类型、选择什么样本、怎样判断、确定投资效果等只能凭审计人员的职业经验做出结论，缺乏权威性。如我们在对某污水处理厂的审计中，为了量化因河水倒灌增加项目试运行成本情况，通过该厂进水量情况表及进水量曲线图数据进行平均测算，推算出该厂平均处理河水倒灌量每日为６８７吨，该差异量与经测算的单位处理成本的积就是每日多开支处理成本２７０６．７８元。这些测算推断的方法有待于证明可行性并规范其使用标准，否则会影响结果的有效使用。 ２．缺乏环境经济的评价指标体系。由于与环境审计相关的很多问题很难直接用经济指标进行评价，环境审计面临的一大难题就是如何建立合理的评价指标。最根本的考虑是将环境成本和环境效益纳入传统的成本效益分析法中，而这仍然需要解决量化的问题，有待于环境经济学等学科和经济评价理论的进一步发展。 我们认为，应针对不同审计类型和审计目标分别建立水污染、大气污染、噪声污染、固体废弃物污染及其防治审计评价指标系统，针对我市绿化、林业建设的超常规发展，绿化效益的评价标准也应重视。如我们在对本市大型公共绿地和林业基地项目绿化效益评价中，只能采用建设部五大城市联合课题《绿化效益测定》的成果公式测算，从制氧量、滞尘量、吸收二氧化硫量等方面进行测算，而对原来耕地上的种植物的生态效益无法计算，这样造成测算缺乏权威性，评价也不完整，审计效果会受影响。 ３．如何运用相关部门的专业技术和数据需进一步协调。环境审计的难度和广度对审计人员的素质是一个极大的挑战。首先，审计人员必须懂得环境方面的知识，如环境经济学、环境法学、环境管理学等。另外，还要具备社会学、统计学、工程学等方面的知识。但由于我们开展环境审计时间很短，目前从事环境审计的人员多是以财务、工程审计知识见长，还缺乏必要的设备、技术和手段等，离全面开展环境审计的要求尚有距离。 现阶段除了要求现有审计人员加强学习，及时总结环境审计的经验外，应建立环境审计专家咨询小组，利用高校、科研机构和专业管理部门专家的知识和经验，弥补目前环境审计人力资源的不足，提高审计工作质量。 此外，必须要加强与相关管理部门的协调，尤其是环保部门。环保部门由于从事专业规划、管理、组织、协调及监控，具备专业技术能力，同时又是制定环保制度、标准、准则的主体，代表政府对社会的环保工作进行管理、监督，审计作为环境经济监督部门应与环保专业部门加强协调和沟通，在环境经济效益的评价方面做到资源共享、资源整合，从而使环境审计机构能够担负起独立于环保部门之外的审计监督行为，对被审单位的环境管理责任进行监督、评价、检查。如环保处去年对某污水处理一期项目审计中评价处理后出水水质是否符合黄浦江上游水源保护区污水排放标准时，利用了另一污水处理厂和该厂所在区环境监测站对被审计污水处理厂进水及出水水质化验出具的分析报告，解决了审计方案实施中的难题。但今后如何进一步协调好关系还需要在各方职责、法律关系等诸多方面加以研究并逐步规范起来。
