从经济学的角度看，在民主社会中，立法机关是为了在管理公共事务时节约缔约成本等交易费用而从人民（即委托人）中遴选出来的代表公共利益的机关，政府则是接受立法机关的委托，执行社会管理的具体事务、掌握公共资源的机构。而理性的各社会利益主体，都有激励去影响公共资源的运用，谋取自身的利益。因此，职能分工成为必要。立法机关行使社会重大事务的决策权，政府行使社会重大事务执行权和日常管理决策权。一方面，立法机关由委托人的代表组成，具有广泛的代表性，能够兼顾各方利益，但是这一特点也决定了其决策程序是一个不断的博弈过程，不能满足日常管理决策的及时需要；政府是以行政首长为其最高领导，实行首长负责制，能够满足日常管理决策的及时性，因此，政府应该拥有日常管理决策权。另一方面，如果政府对重大社会事务也具有决策权，作为受托人的政府则有可能出现"道德风险"，即背离作为委托人的人民的意愿，滥用公共资源，成为谋取私利的工具。要从制度上防止政府的"道德风险"，在事前就须保证立法机关对社会重大事务能够有效行使决策权，事后则须对政府是否有效的行使日常管理权和相关的执行权进行评价。显然，无论是事前的决策，还是事后的评价，都需要可靠的信息。政府审计就是保证相关信息可靠性的制度安排。在立法机关和政府之间存在着信息不对称的背景下，如果立法机关失去了政府审计对决策信息的保证，那么立法机关也就失去了对社会重大事务相关资源的主导权，甚至失去社会重大事务的决策权。因此，从本质上来说，现代政府审计起源于代表人民的立法机关与政府之间的委托代理关系，是立法机关社会重大决策权的制度保证，其作用的机理是通过确保编制预算信息的可靠性来保障立法机关对社会资源运用的决策权。所以，政府审计应该是一种更偏重于事前监督的审计，而非局限于为了对政府进行经济监督而监督的事后审计。 按照日常管理和执行社会重大事务的标准，可将政府所掌握的公共资源分为两类：第一，政府拥有自由裁量权的与日常管理有关的资源；第二，与执行社会重大事务有关的资源。与财政职能相适应，政府审计的主要职能应该分为两部分：第一，与政府的日常管理权相联系的财务审计。这与政府日常管理的特点相一致，体现日常事务管理的及时性和与之相对应的政府必要支出的自由裁量权，它主要是从合规性的角度进行经济监督。第二，与立法机关的重大社会事务决策权相联系，为提高决策信息可靠性服务的审计及其事后的财务审计，即预算审计和决算审计。这一职能是立法机关决策信息系统的重要组成部分，是为减少委托人与受托人之间信息不对称的制度安排。对于政府审计的第一项职能，它的监督对象所涉及的资源决定了它只能进行事后监督，因此它对政府审计机构的设立模式影响不大，即使是非行政模式的政府审计也只能从支出是否属于政府支出范围的角度进行审计，这对于运行良好的行政模式政府审计同样可以完成，它与政府内部审计的部分职能相重合。对于政府审计的第二项职能，应该说它决定了政府审计设立的非行政模式。如前所述，政府审计在这种情况下它所起到的作用是保证立法机关决策所需信息的可靠性，由于预算的编制和 执行都由政府完成，如果立法机关失去了政府审计对决策信息的保证，那么立法机关也就失去了对社会重大事务相关资源的主导权。 可见，由政府编制预算、执行预算、然后再审计预算的行政模式政府审计制度，与政府审计主要职能的内生逻辑是相矛盾的。这不仅等于将社会公共资源的主导权交给了政府，而且等于将社会重大事务的决策权也交给了作为代理人的政府。其结果是，谁能影响政府，谁就能影响社会公共事务和社会公共资源。从代理理论的角度看，这就违背了立法机关与政府之间的委托代理关系，损害了委托人的利益。在我国已经加入ＷＴＯ的背景下，产权主体与利益主体日益多元化，各产权及利益主体在与政府的博弈关系中力量不断加强，各主体通过立法机关行使自己的权力并监督政府对公共资源的取得和使用的动力也不断增强。因此，选择非行政模式政府审计制度许是我国政府审计的未来变革之路。
