（一）国家审计署归属国家人大常委会领导 改变国家审计机关既归政府领导、又对政府进行审计的做法，彻底解决因审计独立性得不到保证而产生问题的根源。地方审计机关接受上一级审计机关的垂直领导，审计机关与同级政府行政机构完全剥离，直接对各级人民代表大会负责。只有组织独立性得到保证，才能保证国家审计对各级政府发挥有效的经济监督作用。 （二）在法律中明确规定审计长的任免、任期 改变现行国家审计署审计长及地方审计机关正职的任命方式，提高任命规格，延长任期时间，使其不因政府换届而易人。审计长可自行决定内部机构设置与人员配备，不受其他部门和人员的影响。以保证审计机关工作上的独立性。 （三）在法律中明确规定审计经费来源 我国现行审计法虽然对审计经费的拨付作了明确规定，但由于审计机关"双重领导"的缺陷，使这一规定未能有效落实。在解决审计机关组织独立问题后，应在《国家预算法》中明确审计经费单列预算予以保证，使审计机关不因经费问题受被审计单位的牵制，确保国家各级审计机关经济上的独立性。
