一、审计内控制度。对行政事业单位内控制度的审计主要审查部门和单位在国家有关政策、制度的基础上，是否建立健全本部门的规章制度并认真执行，从中发现部门内部管理的薄弱环节。审计内控制度的方法主要是开展内部控制测评。审计人员首先通过查阅文件、观察、询问和符合测试等方法，了解单位内控的基本情况，检查单位在授权批准、职责分工、会计记录、实物控制等方面的控制措施是否健全、完善，在此基础上，要通过符合性测试的方法对内控制度的实施情况和有效程度进行进一步检查和评价，针对内控制度的缺陷，提出改进和完善的意见和建议。 二、审计收入方面。当前审计发现存在的主要问题： 一是乱收费。即通过非正当手段，违反国家批准的范围、内容、标准取得收入。有的单位擅自设立收费项目、自行提高收费标准；有的违规减免收费、随意变通收费办法，甚至应收不收，在收费问题上进行权钱交易等等。 二是收入不实。即隐瞒、转移收入。审计发现一些部门或单位将取得的收入隐瞒、转移，放置账外，形成“账外账”、“小金库”，严重影响了单位收入的真实、完整性，造成会计信息失真。 三是截留、坐支应缴财政预算收入和应纳入“收支两条线”管理的资金。目前有些部门或单位，从自身利益出发，通过资金在账户的转移，预算内转预算外，截留应上缴收入，或者是在往来科目中核算和坐支收入。 对收入审查的重点：首先要看收入取得的合规合法性；其次要看取得的收入是否全部入账，真实反映；再次要看应上缴国家的各项收入、税费是否足额及时缴纳。 三、审计支出方面。目前发现的主要问题： 一是无预算或超预算开支。审计发现一些部门、单位未经批准随意调整预算，在预算之外安排支出项目或超过预算核定的数额安排使用资金，造成预算管理出现漏洞，影响预算支出的真实、合法性。 二是挤占挪用。有些单位不能做到专款专用，用事业费弥补行政经费不足或将专项资金挪作它用，有的搞基本建设、购置固定资产，有的搞职工福利，还有的用于办经济实体，甚至违规出借、投资等等，这些做法直接影响支出的规范管理，不利于资金的有效使用和发挥最大效益，甚至影响部门单位的事业发展。 三是以拨作支、虚列支出。有些单位将拨给下属单位的资金，在拨款时直接列支，形成以拨作支；还有些单位在基本建设支出和专项资金支出中，存在项目没有实际完成，但决算时列报支出的情况。 四是滥发钱物。在国家政策规定之外发放钱物，甚至为了达到化公为私的目的，采取种种弄虚作假的手段，套取现金发放。对支出的审查，着重看各项支出是否严格按照预算进行安排和管理；资金的使用是否真实、合法，符合规定范围和标准。 四、审计资产管理方面。对单位资产的审查着重注意以下几方面： 一是货币资金的管理。主要问题有违规存储、违规拆借、乱集资等。目前，一些单位为获得高额利息收入，违反国家规定将资金存入非银行金融机构搞定期存款、委托贷款等。由于一些非银行金融机构的运作不规范，经营困难，出现支付危机，使存入的奖金无法到期兑付；甚至存入的资金被骗走挪用；还有一些单位为收取资金占用费，违规拆借资金，借出资金由于种种原因被长期占用，最终形成损失；更有一些单位铤而走险，将资金投入高风险的房地产、证券领域，资金安全受到严重威胁。 二是固定资产的管理。有些单位财产物资管理比较混乱，没有设账或长期不盘点、不对账、随意处置，形成账账不符、账实不符、存在账外资产。特别是有的单位将国有资产的所有权转移，或是私分私用；还有的单位对资产的处置随意，机构调整、隶属关系变更不办理交接，造成人为流失。 三是对外投资。审计中发现，许多单位开展对外投资活动，没有严格遵循科学事业财务制度规定单位对外投资的五项基本要求。表现为：一是国有资产在创办经济实体中流失。对所创办实体大量占用单位的房屋、设备等有形资产和技术、专利等无形资产，不进行有效评估计价，又不收取占用费，无偿使用，所有权变相转移；有些部门单位兴办经济实体，未纳人“对外投资”管理，投资额直接作支出或挂往来，财务账面不反映或少反映“对外投资”，这样，投资形成的资产，无法界定产权，造成国有资产的流失。二是一些单位对外投资时，未按规定报经财务主管部门、国有资产管理部门和财财部门批准，对投资项目缺乏充分科学的经济论证和市场预测，投资后忽视了投资对象的经营管理，由于企业的亏损甚至倒闭、破产，投资得不到回报。三是单位投资兴办的经济实体有利不返或少返还利润，对单位事业发展支持作用不明显。一些经济实体隐瞒不报或少报经营所得以逃避上交利润，加之上级主管部门对应上交收入核定不明确或弹性很大，对不按规定上交利润的行为亦没有采取强制措施进行处理，因此，有效益的实体在经济上对投资主体的贡献也很小。
