一是时间上的滞后性。国家审计法规明确规定，对各种经济活动的审计应该采取事前、事中、事后等多种审计方法。但在实际工作中，多数审计机关在对固定资产投资审计过程中，所采用的多是事后审计，而忽略了事前审计和事中审计。审计行为往往实践于投资行为之后。这样，就使审计监督行为不能贯穿于整个投资行为的全部过程，对不正确、不合理的投资行为起不到及时、有效的监督和规范作用，更不能有效地预防和制止不正确投资行为的发生。比如，在一些基建单位，用于固定资产投资的资金常常被挪用，造成了资金使用不合理乃至出现较大缺口，导致有些工程不能及时竣工按时交付使用。这类问题尽管在事后审计中被发现，但已是亡羊难以补牢。如果加强事前和事中审计，在很大程度上可以避免这类问题的发生。 二是内容上的不全面性。许多审计机关开展固定资产投资审计，多是就投资运行的最后一个环节即竣工决算进行审计，而缺少对其他相关环节和步骤所进行的全面审计。事实上固定资产投资中的许多问题，多是发生在整个投资过程的不同环节和相关方面。仅就最后一个环节或一个方面进行审计，发生在其他环节和相关方面的问题难以被发现。比如一些部门集资建楼，大部分资金是从所属基层单位进行筹集的。如果仅对建楼部门的账、表等财务资料进行审计，而不对其所属基层单位的账目进行相应的延伸审计，就难以确定出建楼资金的真实来源，其资金来源是否合理、合法等问题，也就难以界定。 三是方式、方法上的单一性。目前，一些审计机关对固定资产投资进行审计，多是采用抽查或者详查的审计方式和方法，而缺乏两种审计方法的综合运用，导致了审计方法过于单一。单纯地采用抽查法，而不辅之以全面的详查法，就会导致某些方面的经济活动得不到相应的审计覆盖，而使一些问题不能被发现出来；而单纯地采用详查法，又常 常使审计工作抓不住工作的重点和主要问题，缺乏目的性，也使一些关键性问题常常被忽略。比如，在对一些固定资产投资项目进行审计时，多采取详查的审计方式或方法。由于这种审计方法的工作目标不确定，重点不突出，导致有些问题因为审计力量不集中，而查不深、查不透、查不实，并造成了次要问题掩盖主要问题、枝节问题掩盖根本问题现象的发生。 四是法规上的不完整性。经济法规是实施审计行为的基本依据，也是审计过程中判定是非的标准，更是审计终结时进行审计处理和处罚的准则。但是，目前国家有关固定资产投资的法律法规，特别是有关审计监督的法律法规还很不完整，同时有关固定资产投资的规定标准还存在着很大的弹性和余地，导致审计行为遵循的依据和标准不明确，在审计中难以准确把握。比如，一些建设单位搞开发建楼或职工集资建楼，建设单位不投入资金，因此不设财务账目，不进行财务核算，但法律法规没有对此做出如何审计的规定。再如，一些建设单位往往为了扩大其他费用，在基建账目上故意长期敞着口子，存在着拖延投资决算的问题，造成了对固定资产投资不能及时审计。对此类问题如何进行规范处理，法律法规也没有做出相应的详细规定，致使审计监督活动得不到正常开展。
