（一）审计客体发生变化。在会计集中核算体制下，审计对象由原来单一被审计单位变为被审计单位与核算中心两个客体。被审计单位作为审计客体是忽庸置额的。另外，由于会计核算中心负责被审计单位的会计基本职能、会计核算、会计监督，并行使会计资料档案保管权力及资金管理权，审计机关必须将其作为审计的客体，纳入审计范畴，否则就不可能实现审计目标。 （二）会计责任发生变化。会计集中核算体制建立后，被审计单位承担的全部会计责任部分转移到了核算中心。会计核算中心要对会计核算工作的真实性、完整性，对代管资金的安全性、完整性，对会计资料的安全性、完整性负责。但会计责任主体还是被审计单位及其领导人。 （三）审计方式方法发生变化。在制定审计计划和方案时既要搜集被审单位的基本情况，内控制度、资产管理等资料，又要搜集会计核算中心内部管理情况资料、代理记账单位即被审单位有关会计资料，来确定审计重点内容和范围。审计中既要协调审计组与被审单位关系、核算中心关系，又要协调被审单位与核算中心关系。下达审计通知书既要明确对被审单位审计事项，也要明确对会计核算中心的审计事项，在通知书主送被审计单位时，还要抄送会计核算中心。在要求被审计单位作出书面承诺时，也要会计核算中心对有关事项作出书承诺。审计报告在征求被审计单位意见时，还要同时征求核算中心的意见。总之在会计集中核算体制下，审计机关在审计程序、审计方式方法方面都要适应会计体制改革的变化。 （四）审计评价发生变化。在对审计事项进行评价时，既要对被审单位进行评价，又要对会计核算中心进行评价。如对内部控制评价方面，对被审单位要依据相关内部控制制度的设置情况，在符合性测试基础上，评价其是否健全有效。对会计核算中心建立用来保证会计核算真实、完整、合法，会计监督有效的相关管理制度，如凭证审核制度、岗位责任制度、内部牵制制度等相关制度要调查了解和测试，评价其健全有效性。在对审计事项真实性评价方面，对被审单位着重就会计原始凭证和记账凭证所反映的经济活动是否存在、是否真实，通过审计认定后进行评价，对会计核算中心着重看会计核算中的账务处理品否有差错，是否符合有关会计准则和会计制度规定，来评价会计核算工作的真实性。在对审计事项合法性评价方面，通过检查会计资料、会计凭证，对照国家财经法规，看其所反映的财政财务收支及经济活动是否违规，来评价被审计单位的财政财务收支的合法性，同时通过对会计核算中心内控情况、会计核算过程等本身工作的审计，看会计核算中心在工作中是否有违规情况，如直接挤占挪用资金，归并结存资金不计付利息，甚至会计核算中心工作人员与被审单位串通套取资金行为，来评价会计核算中心办理会计事项的合法性。
