一、房屋出租收入在非财务部门核算和管理 部分行政事业单位为了弥补经费不足，增加职工收入，将办公楼出租所收取的租金收入，有的在所属“三产”单位核算，有的在有关科室核算，还有的甚至利用工会账户或以工会名义无反顾单独设置账户进行核算。 二、偷、漏缴各种税金的问题 由于房屋出租收入不纳入单位财务部门统一核算和管理，部分行政事业单位将该项收入，除少量资金用于弥补经费不足外，大部分资金用于发放职工各种补贴等项支出，普遍存在着漏缴个人所得税的问题。同时还存在着漏缴房产税、营业税及附加等问题。还有的单位以补助工会经费名义，将自有资金转至“工会”账户，由工会发放给单位职工各项补贴，逃避缴纳个人所得税。 三、按照职能处室所分管的业务产生或使用的资金。 以职能处室名义开设账户，进行核算部分行政事业单位将收取的单位产职工宿舍租金收入、出售单位产售房收入等住房方面的其他资金，有的在工会账户核算，有的在行政处房管科核算，有的在基建办公室核算，还有的在城镇住房制度改革办公室核算，均未作为单位专用基金（住房基金）管理。 四、各项收入在往来款挂账问题 有的单位将银行存款利息收入、科研课题收入、房屋和土地出租收入、预算外收入、向供热用户收取的供热费等各项收入在往来款挂账，隐瞒收入，造成收入不实，结余不实，有的单位甚至未将上述收入在报表中反映，形成表外资金。 五、固定资产核算、管理薄弱问题 行政事业单位固定资产管理一直存在着许多薄弱环节，集中表现在购置的固定资产不进行明细核算，不定期进行固定资产盘点；用账外资金所购入的固定资产不登记入账，形成账外资产；对出借、报废、调拨固定资产不及时处理，办理有关出借、报废、调拨手续；单位产职工宿舍价值未在单位固定资产账面反映等。近年来，有的单位将单位产职工宿舍产权出售给职工，其单位产职工宿舍价值增减变化频繁，但是是行政事业单位资产管理部门并不掌握其变化情况，甚至固定资产账面未反映该项固定资产价值。由于行政事业单位固定资产管理存在着许多的漏洞，造成固定资产管理账实不符，形成金额较大的账外资产，甚至造成国有资产的流失。 六、往来款项未及时清理的问题按照现行规定，行政事业单位应当严格控制往来款的规模，并及时进行清理，不得长期挂账。然而，行政事业单位普遍存在着往来款项未及时清理，当年兴办三产企业投资的款项在往来款项中占一定的比例，还有部分往来款项本来可以及时清理，但一方面由于财会负责人与财会人员的变动较大，会计交接时忽略了往来款情况的交接，给往来款项清理工作带来一定的困难；另一方面，由于时间跨度较长，有的甚至账龄已达十年之久，造成往来款项长期挂账，未及时清理。
