１．改革现行行政型审计模式，实行政府审计的垂直领导。我国的审计模式应以立法型审计模式（即：人大常委会领导下设立最高国家审计机构）为国家审计模式的最高目标，但它的实现要经过一个漫长的发展时期，目前不可操之过急。目前应对现行的行政型审计模式进行改良，即在现有的基础上，提升审计署的规格和地位，在实行主计审计长负责制的同时，延长主计审计长的任职期限，使其任职期限长于一般政府职能部行政首长的任职期限；审计署对省（自治区、直辖市）级审计机关及地方特派员办事处和驻中央各部委审计机构具有直接领导权和人事安排权；省级以下审计机关实行垂直领导，即实行省级审计机关对市、地、县级审计机关垂直领导，在人事任免上实行分级管理，省厅统一任免，经费也由省级财政解决，省厅统一管理，实现地方审计机关在人事管理、审计经费和审计事项的完全独立，不再受地方政府的管理和干扰，真正实现独立、客观、公正地进行审计，对社会经济的发展起到保驾护航的作用。 ２．建立乡镇政府审计机构，完善政府审计结构。由于乡镇经济缺乏完善、全面的正常监督，造成了乡镇财政收支严重不合规、决算失真、管理混乱、大量资产流失以及村级财务失控导致农民上访告状等问题的时常发生，已严重影响乡镇经济的健康发展和社会的稳定。另外，乡镇政府真正达到了一级政府、一级财政、一级金库的管理体制。乡镇政府对财政资金的调控权、自主权越来越大，这也要求建立监督财政预算执行情况提供服务。再者，由于国家对乡镇审计没有统一的法律规定，没有法律作保障，乡镇审计工作不规范，审计人员也缺乏主动性和责任感，致使建立起来的乡镇审计机构发展不健全，缺机构、缺编制、不合法，实属“黑户”，限制了乡镇审计机构的作用发挥。所以，目前应完善《审计法》，依法建立乡镇审计机构，对乡镇审计机构、人员编制、职责权限、经费和法律责任等做出明确规定，使乡镇审计工作进入法制化、规范化的轨道。 ３．对政府审计机构的内部管理采用“双重制标准”管理。对政府审计机构的内部管理采用“双重制标准”，就是指：既视政府审计机构为国家行政机构，按政府行政机构管理，又视政府审计机构为职业机构，按审计职业化的要求管理；对政府审计人员既按公务员的要求进行管理，又按审计职业要求进行管理，也就是说政府审计人员既要有公务员的政治、思想品德，又要有审计师的专业素质和职业道德。政府审计机构代表国家行使审计监督权的行政机关，理应按照行政机构进行管理；在政府审计机构工作的人员，就是国家公务员，按照公务员标准进行管理和要求，这是毫无疑义的，也是我国目前对政府审计机构的内部管理采用形式。但由于审计工作本身的性质决定了审计机构较其他行政机构更具职业性。审计机构作为独立的经济监督部门，对整个社会经济起着经济监督、经济评价和经济鉴证的职能，并发挥着防范错弊、促进发展的作用。可见对政府审计机构的内部管理采用“双重制标准”管理模式，是一种积极的创新模式。 另外，政府审计的对象和目的也将发生变革。随着国有经济在国民经济布局中发生战略性调整，加快了我国国有企业的改革，将使国有企业在社会主义市场经济中的“定位”有重大改变，如：国有企业将退出竞争行业，政府将只投资国防、尖端科技、公益事业等非盈利为目的的垄断性行业和行政事业单位。这些主要依赖国有资金而生存的企业和单位，将构成政府审计的对象，则改变了原政府审计的客体体系；又由于国有企业这些特点，决定了政府审计目的是：监督国有资金使用的真实性、合法性、效益性，并对公共资金的经营管理者的经济责任和工作绩效进行评价。这也决定了政府审计在我国经济中的地位和作用是：代表国家进行宏观调控，监督政府所管理的公共资金。
