１、由于审计权限限制，审计内容难以完整 由于审计管辖权的划分，地方审计机关无权审计中央单位，因此，对其收入的真实性、合法性及有无多征少征等问题就难以实施审计，对发现的问题仅通过审计调查手段根本就解决不了问题，不能够查清其来龙去脉。另外，对一些税收收入的审计，由于非公有制经济的发展，私营经济的税收收入已是税收的一个重要部分，但对私营企业的审计没有合法的依据，要核实其税收的真实性、合规性比较困难。 ２、由于审计资源限制，审计工作难以到位 就目前审计系统现状而言，一般县级审计机关仅十多个人，市级也不过几个科，就人力和时间来说，难以达到审计的深度和广度，特别是同级审有一定的时效性，从而使审计工作受到很大的局限性。另外，审计工作有时需要内查外调，而审计机关经费难以保证，从而使审计工作难以到位。 ３、由于审计法规限制，问题定性难以明确 同级审工作不同于一般单位审计，除《预算法》在大的方面有规定外，对一些具体问题，没有明确规定，比如企业对招待费标准有规定，超支有处理原则，而财政开支中如奢侈浪费问题难以界定，再如政府领导批准的权限究竟有多大，对一些单位的招待费、会议费等开支，究竟有无限额，单位是否有钱就可以花等，这些对审计机关来说，明明是个问题，却无法可依。从这个角度来说，同级审在一定程度上具有随意性，审计的内容主要由审计机关和审计人员决定，至于应该审到什么程度，审计的目标是什么，有时难以明确。 ４、由于审计体制限制，审计问题难以披露和处理 同级审从某种角度上说，就是审政府，而审计机关又是政府的一个职能部门，因而决定了同级审只能处于一个大内审地位，如果同级审中发现财政部门背着政府越权开支等问题，政府也许会支持或感兴趣，除此之外，对政府领导的批件，尽管有一些违背法律法规，审计机关也只能从当地经济利益出发，维护政府的权威。即使审计机关想披露问题，如果政府不同意，也无法实现，因为法律规定，本级财政审计报告必须经政府首脑批准后上报。对审计中揭露的问题不能披露，更谈不上处理，一些对财政部门已下达的审计决定，最终也难以执行。 ５、由于审计目的不同，上下级审计机关难以协调 实行同级审后，我国财政审计应该说是两项内容：对本级财政预算执行审计即同级审；对下级政府的财政决算审计即上审下。至此，各级财政部门也面临着接受两级审计机关的审计，而同级审是每年法定的审计项目，上审下大至２～３年审计一次，当然同级审与上审下的内容、重点有所不同，这就要求审计机关之间，特别是上级审计机关应充分利用下级同级审的资料，减少重复审计。而事实上，目前审计机关之间在相互共享资源、信息上存在许多问题，一方面下级审计机关担心上级审计机关知道同级审发现的问题，尽量回避；另一方面，上级审计机关也不愿去寻问下级审计机关同级审发现的问题，造成上下级审计机关之间不通气，不协调，浪费了审计资源，加重了财政部门的负担。 ６、审计机关处在政府和人大之间两难位置 按照《审计法》规定，同级审后审计机关需提交两个报告，一是向政府提交的审计结果报告，二是代政府起草向人大常委会作审计工作报告。而每年人大常委会都会以文件形式具体安排审计工作报告时间，并直接发至审计机关，要求审计机关如实报告，这就使审计机关在政府和人大两者之间处于两难位置。就审计机关来说，对审计中揭露的问题，应该说大部分是想在人大披露，但审计工作报告的产生是以审计结果报告为依据的，是必须经过政府领导批准的，因而审计机关从其所处地位又不允许过多的站在人大立场上，必然考虑将审计工作报告中一些实质性部分加以修改、删除，而更多是从形式上应付人大的要求，这样势必使人大对审计报告难以满意。这不是审计机关的错，而是审计机关所处的位置决定的，要选择一方，必须得罪另一方，搞不好两头不是人，而要选择最佳点也是很难的。
