一、审计程序问题 按照审计法及其实施条例和国家审计规范的要求，审计通知书、审计决定书，审计意见书等审计法定文书都有特定的主送对象即被审计单位。实行会计集中核算后，一系列会计核算、会计监督工作都是由核算中心工作人员完成，真正需要配合审计工作的不仅仅是被审计单位，更重要的是核算中心。核算中心如不提供会计账表、凭证和有关会计文件等资料，审计工作就无法开展，特别是落实审计决定、实施审计意见，在很大程度上需要核算中心配合。审计机关与被审计单位的关系不再是监督与被监督二者之间的关系，而是与被审计单位、与核算中心三方面的关系。因此，有关审计文书在主送被审计单位的同时，还须抄送核算中心。 二、违规违纪问题定性与如何依法依规处理处罚问题 （一）“小金库”问题。 按照会计集中核算的要求，被审计单位无法设置完整的会计账簿，仅有一本没有原始凭证资料的辅助账（“流水账”），单位负责人对本单位会计工作与资料真实性、完整性难以负起责任，因为真正承担会计核算、会计管理和会计监督的是核算中心，不再是被审计单位。在实际工作中，被审计单位有些资金收入（如历年结余资金、房租水电等非预算收入）没有归并到核算中心，而是直接在本单位财务会计部门列收列支核算。对这个问题是否定性为“小金库”有争议，如果按照会计法和国办发（１９９５）２９号文件规定，这部分收入既纳入了本单位财务会计部门核算，也没有私存私放，属正常会计核算行为。而按照会计集中核算制的规定，凡没有归并到核算中心的收支属违纪问题，应按“小金库”进行处理处罚。最后导致这样的情况，按会计法规定，不依法设置会计账簿要承担法律责任，而按照会计集中核算制规定，被审计单位不设置会计账簿反而却是合规合法行为。 （二）挪用专项资金问题。按照规定，专项物资、专项资金必须实行专账核算，专人管理，要求做到专款专用、专物专用。实行会计集中核算后，管理、监督、核算相互脱节，专款专物管理职责依然在被审计单位，而支出审核、拨付及账簿设置、凭证编制、资金列支渠道自主权在核算中心，实际工作中会出现因核算中心会计人员有意或无意行为，不按规定列支导致被审计单位账面挪用专项款物，而被审计单位并不知晓的问题。特别是各单位取消了会计出纳人员和银行账号后，核算中心一般只在一家银行开设一个统管银行账户，统收统付结算，这样难以做到专款专用，容易导致专项款物在账务处理上被相互挪用，违纪责任划分难以界定。 （三）“三乱”问题。从目前实行会计集中核算的信息运行情况看，核算中心往往把经费支付审核作为工作重点，放松忽视（或工作人员政策水平等因素不能）审核资金收入来源的合理性、合规性与合法性，只要是资金收入很少过问其来源，都会照收不误，会导致不合规、不合法收入经过核算中心后反而变成正当合法收入，特别是这些收入又通过核算中心审核拨付列支后，给审计查处定性和最后处理处罚带来困难。同时，核算中心作为财政部门下设的具有监督职责机构，对不合规收入确认为正当合法收入入账后，应不应该承担责任值得探讨，有待于进一步明确。 （四）核算中心与核算中心工作人员违纪问题。核算中心既不是经营实体，也不是国家行政机关，它是财政部门下设的既代替被审计单位履行会计核算、会计监督职责，又代表财政部门履行财政监督职责，具有“服务监督双重身份”的单位。核算中心与被审计单位名义上是一种委托关系。被审计单位委托核算中心进行会计核算、会计监督，但是由于这种委托是强制的、无偿的、无条件的、被动的，加之核算中心法定地位不明确，其职责、权利与义务也难以明确。这种不对等的委托关系，导致审计机关对核算中心或核算中心工作人员不配合或阻挠审计部门工作，提供虚假财务会计报告，滞留拨付款项、资金被挤占挪用、归并结存资金不计付利息、账务处理不及时，转移、隐匿、篡改、毁弃会计凭证、会计账簿、会计报表以及其它有关财务会计资料等违纪违规问题，怎么定性，如何处理处罚没有法规依据。特别是核算中心工作经费全部由财政预算安排列支，没有其它任何来源，导致对核算中心违纪处理处罚成一纸空文。如果对核算中心和核算中心工作人员违纪问题，特别是重大违纪问题不进行处理处罚，起不到警示作用，“显失公正”。这些都给审计工作带来很大困难。 三、审计评价与建议问题 按照审计法和及其实施条例规定，审计机关审定审计报告，对审计事项作出评价，出具审计意见书。一是对被审计单位的会计资料所反映的财政收支、财务收支的真实、合法、效益以及内部控制的健全性与有效性所进行综合评价；二是反映审计中发现的问题及提出纠正意见；三是对被审计单位财政财务收支中的内控弱点及不足提出改进建议，包括加强内部管理、完善有关制度、严肃财经纪律等内容。实行集中核算后，被审计单位对财务会计核算的自主管理监督权被削弱，处于核算中心的监督之下。核算中心如果认为被审计单位开支不合理、发票不合规、手续不合法等等均可拒付。也就是说被审计单位对本单位资金虽然具有所有权，其实并没有自主使用权、可支配权，资金最终拨付开支权力在核算中心，被审计单位与核算中心会计人员没有明确的权利义务关系。因此，被审计单位会计核算是否真实、会计监督是否有效、财务管理是否规范、内控制度是否健全、是否严格遵守财经纪律等等，在很大程度上完全在于核算中心工作的深度与力度。由于被审计单位没有会计机构和相应的财会人员，审计意见书中对财务管理方面的评价，实际上是对核算中心管理被审计单位财务进行的评价。评价被审计单位并没有什么意义。同样，审计意见书提出加强财务管理，实际上也是相对核算中心存在薄弱环节提出来的，真正需要采纳审计建议加强管理的不仅是被审计单位，最主要的是核算中心。
