一、对进项税额抵扣凭证的审计。主要是看进项税额的抵扣凭证是否合法。可从以下几个方面进行：企业国内采购的货物或者接受应税劳务是否按照规定取得增值税扣税凭证，取得的增值税专用发票抵扣联是否合法有效；对增值税一般纳税人外购的货物（固定资产除外）所支付的运输费用，其运费结算单据（普通发票）是否为规定的结算单据；向农业生产者购买的免税农产品，或者向小规模纳税人购买的农产品，其原始凭证是否符合规定；从事废旧物资经营的增值税一般纳税人收购废旧物资，且不能取得增值税专用发票的，是否使用主管税务机关批准的收购凭证；对进货退出或折让业务，是否取得红字专用发票；对纳税人进口货物，其原始凭证是否为海关提供的完税凭证，取得的海关完税凭证是否合法有效。 二、对不得抵扣进项税额的审计。主要是看纳税人是否存在扩大进项税额抵扣范围的问题。应着重对以下两个方面进行审计：一方面是纳税人购进货物或者接受应税劳务，未按照规定取得并保存增值税扣税凭证，或者增值税扣税凭证上未按规定注明增值税额及其他有关事项的；另一方面，主要包括：购进固定资产；用于非应税项目的购进货物或者应税劳务；用于免税项目的购进货物或者应税劳务；用于集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；非正常损失的购进货物；非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务。 三、对进项税额转出的审计。主要是针对纳税人购进的货物、在产品、产成品发生非常损失，以及购进货物改变用途等原因，其进项税额是否作了转出进项税 额的处理。应着重审计非增值税应税项目、增值税免税项目、非正常损失的在产品、产成品、在建工程、集体福利和个人消费等项目所耗用的购进货物或者应税劳务。 四、对销售返还进项税额转出的审计。主要看纳税人是否有购买货物而从销售方取得的各种形式的返还资金，如果有，是否按照所购货物的增值税税率计算冲减进项税额，从其取得返还资金当期的进项税额中予以冲减。 五、对进项税额抵扣时限的审计。主要针对工商企业不同抵扣时限的要求进行。工业生产企业购进货物（包括外购货物所支付的运输费用），必须在购进的货物已经验收入库后，才能申报抵扣进项税额，对货物尚未到达企业或尚未验收入库的，其进项税额不得作为纳税人当期进项税额予以抵扣；商业企业购进货物（包括外购货物所支付的运输费用），必须在购进的货物付款后才能申报抵扣进项税额，尚未付款或尚未开出承兑商业汇票的，其进项税额不得作为纳税人当期进项税额予以抵扣；商业企业采取分期付款方式购进货物，凡是发生销货方先全额开具发票，购货方再按合同约定的时间分期支付款项的情况，其进项税额抵扣的时间应在所有款项支付完毕后，才能够申报抵扣该货物的进项税额；对商业企业接受投资、捐赠和分配的货物，以收到增值税专用发票的时间为申报抵扣进项税额的时限，在纳税人申报抵扣进项税额时，应提供有关投资、捐赠和分配货物的合同或证明材料；一般纳税人购进应税劳务，必须在劳务费用支付后，才能申报抵扣进项税额，对接受应税劳务，但尚未支付款项的，其进项税不得作为纳税人当期进项税额予以抵扣。
