开展延伸审计主要有“三大难”： 一是对报销发票延伸审计难。审计人员对其中一些发生金额较大，附件手续不够完整等有疑点的发票，根据职业经验判断应进行延伸，但由于提供发票方是私营企业，在审计人员进行延伸时往往不予配合：或推托财务人员不在，或拒不提供会计帐簿，或不说明事实真相。而审计机关对此也无法采取相应对策，因此审计人员根本无法取得相关的证明材料。诸如此类大量的有初步疑点的问题，最终仅能就帐论帐，依据被审单位的帐面情况，提出加强管理，补齐相关手续等不痛不痒的审计建议了之。 二是对外投资延伸审计难。当国有单位对外投资的受资方为私营企业或乡镇企业时，往往会碰到上述类似难题；另外对外投资的许多项目在外省市，审计机关往往无法负担赴外省市延伸审计的费用，因此放弃了延伸；许多投资项目长期无效益，由于无法进行延伸，查不清投资无效益的原因，无法落实长期在外资金的安全性，所作出的审计结论自然只能是轻描淡写，审计风险较大。 三是对往来款项延伸审计难。 对外省市的往来款项往往采用函证审计的办法，但目前审计人员并不常用，原因是函证的时间较长，而项目审计的实际工作时间均较短，审计人员无法较好地解决这一突出矛盾；其次是被函证方往往不予回函，保证不了函证的质量；对本地的往来款项可以实地进行查证，倘若涉及到私营企业时，也较难取得支持配合并获取相关证据。 针对延伸审计存在的困难，应加大以下方面的工作力度： １、加大法规宣传力度，充实有关法规内容。审计机关应加大《审计法》尤其是第三十三条的宣传力度，扫除人们认识上的误区，树立支持配合审计机关开展工作是每个公民法定义务的观念，同时结合形势发展的需要，有必要在法律规章中明确制定单位和相关个人尤其是非国有经济成份的单位和相关个人不支持配合审计机关开展审计工作所应承担的法律后果以及审计机关所可采取的相应措施，使《审计法》第三十三条更具可操作性、更符合现实工作需要。 ２、加大经费投入，保证延伸审计顺利开展。审计机关目前的经费维持正常运转并不宽裕，而延伸审计涉及到的往往是外地区的单位，必然会加大审计机关的经费支出。因此在经费上各级财政部门应进一步予以保证。 ３、建立全国审计资料信息互联网，实现信息、资料共享；建立跨地区、跨部门的审计协作关系。当要查询跨地区、跨部门的经济往来单位的相关资料时，可以借助互联网进行调阅，这样将大大减少函证、外出查证的不便性、频繁性；使得审计机关大量的延伸审计成为可能；审计署对审计机关的内部协作审计应有所规定，当某些函证的目的无法达到或审计机关无法外出查证时，可以委托有关单位所在地的审计机关进行协查，并及时将审计结果反馈给委托机关。 ４、在市级以上审计机关设立检察室，加大延伸审计力度。在审计人员初步掌握一些有疑点的线索，而进行延伸审计又遇到阻力时，可以及时借助检察室的力量进行延伸，取得相关的证明材料。 ５、切实处理好审计质量与审计数量的关系，提高审计人员的综合素质，适应广泛开展延伸审计工作需要。审计机关制定年度审计工作计划时，要突出重点项目、突出重点单位，宁可少安排几个项目单位，也要保证每个项目的审计工作时间，为延伸审计创造必要条件。审计人员在制定实施方案时应做好审前调查，突出重点内容，在实施过程中发现有疑点的问题，应作为审计重点部位查深查透。顺应审计工作发展 的需要，今后审计人员不仅要会写、会说，还要学会做群众的工作；不仅要会做被审计对象及相关人员的工作，还要学会做非审计对象及相关人员的工作；通过加强相关的技能训练，有效地开展延伸审计。
