针对当前影响和制约审计部门对企业往来款项审计不到位的情况，以及往来款项中可能存在这样或那样的问题，甚至单位、个人违法违纪的深层次问题，在加大对企业往来款项的审计监督力度的同时，应建立全国性的企业往来款项“审计协查”制度。 建立往来款项“审计协查”制度，由国家最高审计机关，即审计署发布一项全国审计系统内部的审计往来款项的“审计协查”规定，使不同地方审计机关相互配合，协同审计，把对往来款项的“审计协查”作为一项义务。这样不仅可以节省人力、物力、财力，而且能够达到对往来款项的审计目的。制止经济违法犯罪，维护正常的经济秩序，确保国有资产的安全和完整。如，甲省甲地审计局（甲地局）在对所属某企业审计中，发现该企业的往来账户中，与乙省乙地某企业经济业务往来频繁，发生额较大，且余额较大（或是余额较大，长时间未发生业务往来，等等），为了核对两家企业余额是否相符，业务往来是否真实存在，查明其真伪，甲地局可向有审计管辖权的乙地审计局（乙地局）发出审计函调书（附账目录制单等资料），进行函调。乙地局在收到甲地局的审计函调书后，应立即到该企业进行核对，并录制相应的账目，然后，及时将结果反馈给甲地局，以便甲地局确定是否进一步进行核查审计。对往来款项“审计协查”制度，国家及省级审计机关，要制定具体而明确的实施办法和规定。如：当一方审计机关收到另一方审计机关的审计函调书后，必须尽快予以办理，并将结果及时反馈给发出函调的审计机关。 建议在全国或一定区域内，开展一次国有企业往来款项的专项审计或审计调查。通过此次专项审计或审计调查，必将产生很大的社会影响，收到很大的审计成果，发挥出审计的威慑作用。
