1、审查各级财政部门是否将排污费纳入预算管理并执行"收支两条线"及专款专用、按时拨款的原则，有否存在截留、挤占、挪用的行为；对排污费的安排是否按照规定比例及规定用途用于污染治理和环保部门自身建设，有否挪用与环境保护无关的其它用途。 2、审查各级环保部门是否依法、全面、足额征收排污费，有否擅自决定减免或降低收费的情况；有否存在"人情收费"、"议价收费"及"假征收"等现象。具体分析少收、拖欠排污费的原因。 3、审查各级环保部门对排污收费是否实行专户管理和核算，收入是否按规定及时全额解缴各级金库，有否存在坐支、截留、拖缴等现象；对财政拨入的环保补助资金是否专户核算并按规定用途使用，有否存在挤占、挪用等现象；是否建立污染源治理专项基金并以有偿贷款方式用于环境污染的整治，贷款对象、程序和方法是否符合有关规定。 4、审查地、市环保部门取得的排污费收入是否按规定比例解缴省级财政，并督促环保部门及时解缴。 5、审查环保部门"四项收费"的真实性、合法性，收费是否经过有权部门审批，是否执行规定的标准和程序，是否存在将正常排污费收入转入"四项收费"或乱罚款等现象。 6、延伸调查有关企业，主要审查企业是否按规定标准及时、足额缴交排污费并分析少缴、拖欠原因；审查污染源治理专项基金和环保治理资金使用单位是否符合基金使用条件并按规定用途使用，分析评价使用效果。 7、审查环保补助资金、污染源治理专项基金的分配、拨付情况。审查财政部门是否按国家规定的支出范围审批环保补助资金，污染源治理专项基金用款计划，是否及时、足额将资金拨付环保部门或项目建设单位，有无不按国家规定的支出范围审批以及挪用、平衡预算等问题；审查环保部门是否按国家规定的资金使用范围和分配比例编制资金使用计划，并及时、足额将资金拨付用款单位，有无截留挪用、扩大用于补助环保部门自身建设支出比例等问题。 8、审查环保补助资金、污染源治理专项基金的管理、使用和效益情况。审查环保部门、用款单位是否按国家规定管理和使用环保补助资金、污染源治理专项基金有无挤占挪用、随意扩大开支范围、用于与环境保护无关的支出；污染源治理专项基金的投向是否合规，是否按期收回，以及逾期未收回的原因。审查污染源治理项目立项是否符合国家规定，资金是否用于有关部门批准治理项目，配套资金是否到位，有无虚假立项，骗取资金。挤占挪用，或因配套资金不到位而拖延工期等问题；项目竣工投入运营后，是否达到设计能力或环境治理标准。
