一、国有独资企业年度会计报表审计问题 全民所有制企业和国有独资公司建立的资金来源于公共财政，他们肩负着特殊的社会职能。这些国有企业的资产运营状况理应由代表国家意志和公共利益的国家审计机关来进行监督。全民所有制企业和国有独资公司掌握着巨额处于存量和流量状态的国有资产，其经营的好坏至关国民经济宏观调控能力和一系列社会职能的实现与否。尤其是对于大中型的全民所有制企业和国有独资公司来说，必须由国家审计机关直接进行深入的审计。在这里，审计的主要职能主要体现在对国有企业的监督上面。而且由于这类国有企业并不向资本市场筹集权益资金（某些企业经批准，可以发行债券），出于投资的目的，公众并不需要对其会计信息进行了解，而作为其产权所有者的国家则必须对企业的经营状况、对管理当局的受托责任担负起审计的责任，从而维护国家的利益。同时由于全民所有制企业的治理结构还很不健全、“内部人控制”现象十分严重，注册会计师要在审计中保持超然独立性是不大可能的。即使注册会计师在审计的过程中可以保持独立性，他们也不能对企业的违法违规行为采取任何强制性措施，而只能以拒绝发表审计意见的消极方式表明立场；他们对违反财经法规和会计准则的企业提出的否定意见审计报告也无太大的实际意义。因此对于这些企业来讲，即使现行规定要求对其实行注册会计师审计制度，国家审计的地位也绝对不能动摇；相反，国家审计的作用还应该得到有力的加强。 二、正在改制中的全民所有制企业和国有独资公司年度会计报表审计问题 由于这是以原有的国有资产作为出资组建新的公司的行为，在改制的过程中极易出现侵害国有资产的现象，因而在实践中都不同程度地存在着一些问题。一些企业直接通过账务处理来减少国有资产的价值，从而侵吞、贪污国有资产；一些企业在兼并改组的过程中，以牺牲国有资产的非法手段来减轻所组建的新公司的负担；还有一些企业改制操作不力，违反操作程序，工作不细致，没有处理协调好各方面的利益关系，致使企业改制受挫，甚至导致企业改制的失败。因此在企业改制的过程中，必须充分发挥国家审计的作用。而且在《国有资产评估管理办法》中有规定，企业在改制过程中必须进行资产评估，其评估的结果要由国有资产管理部门认定。考虑到国有企业改制的复杂性和政府机关正处在机构改革阶段的现状，《国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行规定》中规定：“在企业进行改制、改组、兼并、出售、拍卖、破产等国有资产重组的同时，应当按国家现行规定进行审计。”因此为了保护国有资产不受侵害，国家审计机关应按照这一规定在企业改制的同时对国有资产进行审计；即使注册会计师审计机构已经对其进行了评估和审计，也需要经过国家审计机关在进行适当抽审测评的基础上对其予以认可。只有这样，新组建的公司才能正式成立。 三、国有控股公司和国有参股公司年度会计报表审计问题这些公司是按照现代企业制度的要求而组建起来的企业。国家并不是这类企业唯一的所有者，这些企业的股权是由众多的股权所有者持有的，因此从信息披露的角度讲，广大的投资者和债券人对这些企业的要求更高。如果此时仅仅由国家审计机关来执行审计的职能，那么国家审计机关的审计就只能是代表作为股东之一的国家的利益，而不能代表其他利害关系人的利益。此外，大部分的国有控股企业和国有参股企业都处于竞争性的行业，这些行业并不是象国有独资公司那样对于国计民生和国家安全具有极其重大的作用，国家对这些企业的控制可以逐步放松。基于建立科学的公司治理结构、开拓直接融资渠道、通过国有资产存量调整逐步使部分国有企业从竞争性生产经营领域退出来等的考虑，国有企业股份制改造将广泛而深入地进行，这样国有控股和参股公司今后将不断增多，按审计成本全体投资者共同负担和审计效益（表现在会计信息风险降低、投资安全性和报酬率提高）全体投资者共享的原则，这类企业的年度会计报表也理应由注册会计师审计。此外，注册会计师在国有控股及参股企业会计报表审计中有时还可以发挥不可替代的作用，可以满足这些国有企业在经营、筹资和投资活动中产生的许多特定的审计服务需求。比如企业在申请银行贷款或发行企业债券时，可能被银行或债券投资者、信托人要求提供经审计的财务报表，以增强贷款或发行债券的信用，降低筹资的成本。国有控股企业及参股企业的诸如此类的特定审计服务需求，只能由注册会计师审计组织以个别契约安排的方式来及时满足。
