“小金库”问题严重。一是各系特别是一些热门系，利用以学校名义申请到的社会力量办学许可证，成立由系管理的所谓某某高教培训中心进行招生办学，有的系或部门无许可证也办班办学，所收学费不纳入财务管理，形成“小金库”；二是各系、各部门向学生收取的各种费用以及教材的折让收入、各部门的创收收入等形成”小金库”；三是个别学校为了逃避多年来对“小金库”资金的检查，将各部门的“小金库”资金集中起来，单独设账，“小金库”性质并未改变，只是掩人耳目。 资产管理较为混乱。一是账外资产普遍存在。首先是一些学校利用设置校产处对学校的校办产业进行管理，校产处并非是法人单位，但是校产处从校办产业实体中收取的管理费、上缴款等所形成的资产，却不纳入校财务统一核算，而是独立设置财务，形成账外资产，资产总额已达百万元以上；其次是一些学校的高教培训中心以社会力量办学形成存在，独立于校财务体系之外，既不对上级主管部门报送报表，也不与学校合并会计报表，对此财务管理缺乏外部监督，造成学校出现账外资产；再次是学校的某一独立核算单位将应纳入会计核算体系的某一项收入独立分拆出去，另立账户核算，形成账外资产。二是学校不经有关部门批准和资产评估机构的评估，擅自处理资产，致使国有资产的安全性、完整性难以得到保证。三是固定资产账实不符，造成资产不实。 挪用财政专项资金时有发生。专项资金是各级财政预算安排和管理的具有特定用途的款项，财政规定对此不得截留和挪用。但一些高等学校不按财政的有关规定执行，在国家教育经费比较紧张的情况下，挪用、截留专项资金的现象时有发生。 国有资产存在流失现象。部分学校利用国家对高等学校“筒子楼”进行改造之机，不是采取改造措施，而是直接将学校的住房基金支付给职工用于购房补助，职工在购买由学校和个人共同出资的应为“公私共有”产权的住房时，直接变为个人产权，学校也不再对职工购买的由学校部分出资的住房进行房改。一些学校没有资金来源，还采取了虚增住房基金的会计处理方式。
