一、违纪线索多调查取证难审计机关既无纪检 监察机关的纪律处分职能，又无政法机关的强制执行手段。因此，审计人员初查违纪线索难度很大：一是被审计单位不配合，以各种理由进行搪塞软拖硬抗，拒绝提供有关资料；二是当事人和有关知情人不配合、拒绝说明真实情况或出具伪证，如果审计人员经验不足，业务不熟或者缺乏责任心，很容易把线索查断，让违纪者逃之夭夭，审计人员经常为如何取得关键证据而苦思冥想。 二、热点问题多公开曝光难许多群众举报经审计查实的热点问题，如果不及时披露，向人民群众交待清楚，就会引起群众的不满。虽然审计机关采取上下一盘棋、联手审计，并得到当地党委和政府的支持，但由于多方面的原因（主要是外部干扰的原因），使不少群众反映强烈的热点问题，既使审计有了结论，也只能是遮遮掩掩，轻描淡写，藏入暗箱，自我消化，难于公开曝光。 三、整改意见多监督到位难有的被审计单位不管你提出的是什么意见，若无其事，在“虚”字上做“游戏”，看起来整改工作搞的有声有色，结果是我行我素，违纪行为依然如故。 四、说情干扰多严格执法难审计对象是党政机关和企事业单位，这些单位的负责人都有一张看不见的关系网。当审计人员对某单位的财务帐目用“探照灯”进行全面探查时，害怕“狐狸的尾巴”曝露的有关人员，立刻闻风而动，想方设法，利用各种关系请出有关领导给审计人员施加压力，设置关卡，公开阻碍审计机关的正当执法。审计人员普遍反映不怕审计多辛苦，就怕说情来袒护。 五、审计项目多经费解决难近两年，基层审计机关的工作任务日益繁重，审计项目越来越多，经费缺口也越来越大。由于一些地方财政形势紧张，审计机关的经费也随之不足。因此，不少基层审计机关一年到头为办公费、差旅费而发愁。有的办公条件极为简陋，５、６个人拥挤在一间不到１５平方米的房间里办公，更不敢奢望办公自动化、信息化、现代化。
