一、从资金源头入手，揭露资金分配层次中的问题，是专项资金审计深化的内容。专项资金的投入大都以县市为主要投向。资金的来源多数是通过财政渠道和上级主管部门。资金的分配，主要是掌握在有资金分配权的部门和审批权的人员手中，由于资金分配的透明度缺乏、导致极少数人利用手中的权力和职能徇私舞弊，凭人情关系采取上下串通、张冠李戴、戴帽下达等方式安排资金，致使资金“未出门”就已改变用途。因此，在审计中，应注意资金的分配纵向、横向衔接关系，查找资金的来龙去脉，特别注意上级分配的指标文件与账款的核对，指标分配与资金到账数的核对，上级分配的指标、项目、用途与县市级安排的指标、项目、用途核对，从而，查找资金分配层次中的漏洞，揭露资金分配中的不正之风。 二、从资金拨付入手，揭示拨付环节间的资金差异，是专项资金审计的重点。由于部分县市欠上级借款较多，拨付时主要是指标结算，专款难以到位，造成县市级财政再向下拨付的资金衔接就不够规范，资金拨付有差异。审计时发现：一是财政部门指标结算抵扣；二是改变资金用途，挤占挪用。特别是主管部门向项目单位拨付资金更显不足，资金被截留、克扣，资金的到位差异更大。在审计中，应注意查明资金拨付环节中存在的差异的真实原因，顺着资金拨付流向，分析掌握资金活动的最终去向。 三、从资金运动变化入手，揭露隐藏的重大违纪线索，是专项资金审计查找问题的突破口。资金的运动变化，是反映经济活动的过程。专项资金审计中，第一，从账户入手，找出隐匿账户，从中揭露隐藏的重大违纪线索。一是以会计账薄和会计凭证为基础，查找拨付资金或专项资金支出的去向，进而弄清是否挪用公款为个人谋利或公款私存以及虚列支出、转移资金的情况；查找其收入是否全部及时地入账；是否存在“小金库”和账外账。二是对银行开户查询，核实被审计单位在本地银行开户情况，是否有隐匿账户。三是以银行存款“对账单”为基础，按序时逐笔勾对，理清资金流向，来验证账户内资金的存量的准确性，账实是否相符，查找有无挪用，贪污的行为。第 二，从现金支付流程变化中，揭露专项资金使用的不真实性的问题。一对出纳的现金存量盘库，找出短款或长款的原因；二对出纳的短期超额库存现金或者是现金发生“红字”应引起注意；三以出纳现金日记账为基础，核实每笔业务的真实性；四对大额现金支付的项目引起高度重视，发现疑点，顺腾摸瓜，一查到底。 四、从往来账户入手，揭露隐匿货币资金和移花接木现象，是专项资金审计不可忽视的关键。目前，有些专项资金使用单位利用往来账户进行作弊，隐匿货币资金，把往来账户当成“掩体”，严重影响了会计信息的真实性，造成专项资金流失。审计时发现：一是利用“预付工程款账户作为“避风港”，将资金不拨付工程项目单位，借助工程单位往来账户作袒护；二是虚构“应付款”作为“蓄水池”，将资金截留，实际用款单位不存在；三是“待结算工程款”账户成了“调节器”，长期不与工程单位结账，资金滞留账面，其实资金已被挤占挪用了，在审计中，应注意对往来账的真实性、可靠性进行审计，对其资金活动轨迹进行清理，跟踪核对；对内部往来延伸审计核实，对外单位的往来采取函证核实，不放过一丝一毫的蛛丝马迹，弄清往来账户中存在的疑点。 五、从项目管理入手，揭示资金使用的经济效益及成果，是专项资金的必审内容。专项资金投入的最终成果反映在工程项目上，工程质量好坏、效益大小是关键所在。在审计中，要以项目建设为主线，来查清资金发挥的效益性。具体来说，要做到以下几点：对资金投入转化为资本运用能力的审计，分析检查资金的投入未产生经济效益或未达到预定经济效益的原因；对工程质量进行检查，有无掺杂使假、“豆腐渣”工程等问题。只有这样，才能确保专项资金发挥最大的社会效益和经济效益。
