一是现行审计体制不顺，审计的权威性、独立性难以实现。 我国审计目前采用双重领导模式，审计机关在各级政府和上级审计机关的双重领导下开展工作。这种体制模式确实起到了不小的监督作用。但是，这种审计体制存在先天不足。从经济学角度分析，审计决定执行难的原因之一就是侵犯了现有的利益格局，即有部分人因为审计而受损，必然要阻挠审计工作。在这种审计模式下，审计的职能得不到充分发挥。因为，审计机关与审计对象同受本级政府领导，审计工作在很大程度上受领导的干预和制约，很容 易出现“以言代法”、“以权代法”或“以人代法”的现象，不可能实现严格执法。如果审计很独立，很有权威性，使人们想阻挠而不可能，就无所谓难了。 二是各方面利益关系难以协调。 政府各个职能部门目前在一定程度上还存在着条块分割，据权自重，政出多门，多头决策的问题。为了本部门、本系统、本单位的局部利益和小集团利益，搞“上有政策，下有对策”。加之审计机关往往又与“下”密不可分，包括人事、经费、子女就业、家属安排工作，等等。审计人员有时不可能逆“下”之利益，而满足“上”的要求，因此自然而然就不可能超脱。对审计决定执行不力的情况，有时只好“睁只眼，闭只眼”，不能真正做到跟踪问效。 三是法律法规建设滞后。在现存政策法规体系中，有些法规是根据几年前的形势、条件制定的，有的“暂行”类法规“暂行”了很多年，已经不适应今天改革和建设的发展了。新的法律、法规、规章还未出台，旧的法规仍在沿用。如果严肃执法，势必影响改革的发展，如果不严肃执法，又影响了法律的严肃性。 四是审计机关回访不够，削弱了审计决定的法律效力。审计回访是审计部门在审计决定作出后的一定期限，对被审计单位的审计事项进行“回头看”，了解审计质量、检查审计效果的一种制度。它是检查审计决定执行情况的必要举措。但目前由于审计机关任务重与审计人员少的矛盾比较突出，难以组织起有效回访，不能及时督促被审计单位落实审计决定，影响了审计效果。
