（一）会计基础工作不够规范。突出表现在；一是内部管理松弛，缺乏必要的内部管理控制制度；二是账簿的设置、记账不够规范，缺少必要的辅助明细账，造成财务物资不清；三是账务处理不够及时，大量以白条充抵现金，严重违反现金管理制度。 （二）会计核算不符合制度要求。一些单位随意、乱用会计科目，还有一些单位把新老制度的会计科目混用，甚至有的单位根本就没有执行新的会计制度，仍然按老的制度核算，造成会计核算不伦不类，会计信息失真。其次，账务处理不规范。如在对外投资方面的核算，以货币资金对外投资时，一般单位会计只做到：借：对外投资———某某单位；贷：银行存款。而借：事业基金———一般基金；贷：事业基金———投资基金，则不进行账务处理。还有的单位把投资款项列入“其他应收款”，不通过“对外投资”科目进行核算。再次，专用基金核算随意性大。专用基金是指事业单位按规定提取、设置的有专门用途的资金，主要包括修购基金、职工福利基金、医疗基金、住房基金等。按规定，各项专用基金的提取比例，应由财务部门和事业单位主管部门依据相关因素协商确定，并按规定支出，先提后用，量入为出。但在实际工作中，很少有单位制定出符合本单位实情的各项基金提取比例，绝大部分单位仍按以前惯例办事，也未到财政部门备案，支出也不符合规定，互相挪用及透支现象比较严重。在实行综合财政预算后，绝大部分单位干脆就取消了专用基金的核算，只进行事业收支的核算。 （三）收入体外循环，设账外账。主要表现在三个方面：其一，实行收支两条线以后，有的单位将部分收入款直接打入支出户中，坐收坐支，不上缴财政专户。其二，有的单位将物价、财政部门核准的预算外资金收入不纳入单位财务统一管理，分散在有关职能科室或相关的中介机构，开具非法票据，设账外账，逃避财政监督。其三，有的单位将部分收入款挂“预收账款”进支出户，长期不办理结算。 （四）支出管理不严，乱支滥用现象十分严重。主要表现在一些收费比较集中的事业单位。一是擅自用于扩大津贴、补贴等范围，提高津贴、补助标准，滥发奖金、实物等。二是公款吃喝，借考察、学习等机会到处游山逛水。三是把个人负担的开支项目列入单位支出，如水利基金、个人收入调节税等。四是有的单位因上下级关系或业务关系，列支一些与本单位无关的支出。五是政府委托单位收取的某些具有专门用途的基金，除按规定提取必要的业务费外，也有在基金中直接列支其他费用的现象。
