企业集团内部审计，必须适应企业集团的经营目的及其组织方式和特点的要求，根据集团成员经济关系的紧密程度，采取多层次、多种形式和不同的方法进行审计。 所谓多层次，一是指集团本身的审计。集团是企业的主体部分，是企业集团内审的主体。审计业务较为广泛，其主要审计内容是财务收支的合理合法，经济效益的真实性，基建投资、对外投资的合法性，合同管理的完善性和经济责任等方面进行监督。二是全资子公司的内部审计。全资子公司是具有独立法人资格的组织，具有较大的独立性，而且建立了独立的审计机构，可以独立开展内部审计工作。这些子公司的审计可由其内部审计机构按企业的有关规定实施审计，集团公司的审计机关具有指导和监督的责任，必要时也可派人进行抽查，并作出评价。三是控股、参股企业的审计。对控股、参股企业的审计主要是对投入资金的使用情况、成本、利润及分配的真实性以及合同的履行情况进行审计监督。企业集团各层次的审计可采取的主要方式和方法有： １专项审计。企业集团内部各层次和各职能部门，由于审计项目内容广泛，内审部门采用专项审计方法，依据其业务活动规定、项目内容，制订审计工作方案进行审计，以降低审计风险，保证其审计监督的深度。 ２专项调查。调查项目可以由集团公司领导或其他职能部门提出，也可由审计部门视公司经营和管理情况自行确定，其目的是为企业领导在制定政策、作出决策时提供科学依据，并推动职能部门提高管理和经济效益。 ３内部控制的评审。现代审计的特征之一就是运用制度基础审计程序对内部控制做足够的了解和符合性、实质性的测试后，作出评价，对发现的问题，报告董事会，供领导者在改进内部管理，完善控制程序时参考。 ４突出重点，开展经济效益审计。企业内部审计必须紧紧围绕提高经济效益这个中心来积极主动开展经济效益审计，帮助企业提高效益堵塞生产经营管理中的漏洞，提出改善措施和方案，协助企业负责人有效地管理和控制企业，得到企业的认可和支持，赢得领导的重视，这是企业集团内部审计发展必然的趋势。
