１、考核目标不科学不规范。没有建立起一套完整的考核体系，不少单位仅限于生产、经营几项指标的考核，明显地带有计划经济的痕迹，而缺少对技术开发、产品开发、创优产品、人才开发、企业管理目标和职工福利目标的制订和考核。 ２、目标责任状的各项指标大多没有经过充分论证和较详细的测算。部门领导不顾下属企业主客观条件，不深入基层调查研究，不掌握市场信息，指标值定得不合理，标准不一、人为因素掺杂。年终目标责任审计时，使审计考核工作左右为难。 ３、事权不统一。目标责任审计理所当然地应由内审机构为主，同时也应吸收其他有关部门人员参加，组成统一的审计组进行考核，但实践中，因部门各职能处室都有自己的考核指标。到年终，计划、生产、财务、企管、销售等处室都要从中插手，派员下去或检查或考核，各搞各的，互不协调，不但使下属企业疲于应付，而且与审计考核发生冲突，给目标责任审计考核造成困难，使下属单位不知所措。 ４、时间仓促，审计考核难以深入。笔者了解到某所在部门有３０多个企业，分布于全省各地，即使组织五至六个考核组，每个组负责４～６个企业，每个企业审计７天，最少也需４０天才能完成，各企业一般在１月１０日左右才能做出决算报表，对各单位的指标考核工作要延续到２月下旬，整理资料，写出审计报告，至少要到３月，时间拖得长，审计也较粗略，很难把企业的真实情况搞清。 ５、审计组的审计报告提交后，目标责任兑现迟，不能落实。不少企业领导，主要是下属单位目标责任人，在审计考核时强调各种困难，提各种完不成目标的理由，使审计的结论无法落实。尤其在奖惩上，往往很难兑现，奖励尚可，处罚则是象征的或者干脆不处罚，造成下属企业相互攀比。给今后的工作带来困难，最终使目标责任审计流于形式。
