依据不同 基本依据都是《审计法》。党政机关领导干部经济责任审计直接依据的是《县以下党政机关领导干部任期经济责任审计暂行规定》；间接依据是有关公务员管理方面的规定。企业领导人员经济责任审计直接依据的是《国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行规定》；间接依据是党中央和国务院关于加强和改进对国有企业监督管理方面的规定。 审计客体不同 党政机关领导干部经济责任审计的“被审计人”一般是审计范围内的党政机关的正职领导干部；而企业经济责任审计的“被审计人”是企业的法定代表人。审计主体不同 领导干部的经济责任审计的主体是审计机关；而企业领导人员经济责任审计的主体是“审计机关可以直接进行审计，也可以由社会审计组织（现在统称为会计师事务所）或上级内部审计机构进行审计。 受委托对象不同 领导干部经济责任是“根据干部管理、监督工作的需要和党委、人民政府的意见，由组织人事部门、纪检监察机关向审计机关提出对领导干部进行任期经济责任审计的委托建议，审计机关依法实施审计”。而企业领导人员任期经济责任审计则“应当由企业领导人员管理机关报本级人民政府批准，由人民政府下达审计指令”。审计机关“遵照人民政府的指令，按照审计管辖范围，依法派出审计组实施审计”。 审计的重点内容不同 领导干部经济责任审计的主要内容是：（１）预算的执行情况和决算或者财务收支计划的执行情况和决算；（２）预算外资金的收入、支出的管理和使用情况；（３）财政收支、财务收支的内部控制制度及其执行情况；（４）其他需要审计的事项。主要查清的事项有：（１）领导干部任职期间财政收支、财务收支工作目标完成情况，以及遵守国家财经法规情况；（２）领导干部个人在财政收支、财务收支中有无侵占国家资产，违反领导干部廉政规定和其他违纪问题。 企业领导人员经济责任审计的主要内容是：（１）企业资产、负债、损益的真实性；（２）国有资产的安全、完整和保值增值情况；（３）企业对外投资和资产的处置情况；（４）企业收益分配情况；（５）与上述经济活动有关的内部控制制度及其执行情况；（６）需要审计的 其他事项。主要查清的事项有：（１）与企业资产、负债目标责任制有关的各项经济指标的完成情况；（２）企业领导人员有无侵占国家资产，违反与财务收支有关的廉政规定和其他违法违纪问题。 审计目标和目的不同 领导干部经济责任审计的目标是：为了加强党政领导干部的管理和监督，正确评价领导干部任期经济责任，促进廉政建设，更好地全面履行职责；目的是将审计结果作为组织人事部门对领导干部的调任、免职、辞职、退休等事项提供依据。而对企业领导人员经济责任审计的目标是：加强企业领导人员的管理和监督，正确评价企业领导人员任期经济责任，促进国有企业加强和改善经营管理，保障国有资产保值增值。目的是审计结果将作为企业领导人员管理机关对其调任、免职、辞职、解聘、退休等提出审查意见时的参考依据。
