专项拨款的审计有三个重点环节：①是否足额按期到位；②是否专款专用；③使用效益好坏。专款又可分为两类：一是地方政府自己划拨的某一项目的专款，此类专款往往在同一行政区域内进行，审计机关便于对专款下拨和使用的全过程予以监督。另一类是由上级机关下拨的救灾、救急、扶贫、济困及发展和调整产业等各项专款。此类专款的到位，往往需要多个中间环节，作为区域审计的审计机关，只能对已到位的专项资金予以审计监督。但专项拨款在拨付的中间环节有无被截留、挪用及变相截留或挪用致使专项拨款流失的问题就难以实施监督了。 如何才能实现对专项拨款的全程监督，使专款实实在在地发挥其专用的作用呢？笔者认为可以采取源头双下表、区域实施监督的办法。即不拨专款的单位或部门在下拨专款时，把下拨款的用途、项目、数额、要求等一式两份，一份逐级下发到被拨款基层单位，另一份同时送交同级的审计机关。审计机关将各级各项专款入库联网管理，并在审计系统内部逐级建立“信息库”，使实施审计区域的审计机关对专款的数额、用途、要求等了如指掌，便于对专款的中间环节和实施单位予以监督，避免截留、挪用等违规违法乱纪问题的发生，使专款发挥其应有的作用。
