财政收支审计与财务收支审计的“名与实”的混淆，存在着严重弊端。 首先，是概念的混淆。财政收支，着重反映政府的收入或支出财政；而财务收支，反映的则是以资金为对象的运用、筹措的收纳和拨付活动的全部过程。由此反映在审计监督中财政收支审计与财务收支审计两个不同概念的区别，在于审计监督的内容和着重点的不同。 其次，给审计机关适用《审计法》造成困难。审计机关正确行使审计处理、处罚权，首先必须分清财政收支与财务收支的界限，而审计机关在对政府部门实施年度预算执行情况审计过程中恰恰混淆了这两者的界限。在下达审计决定时，往往出现“罚不当过”或“过不当罚”的审计执法错误，从而影响审计执法的严肃性，极易产生审计风险。 再者，为被审计单位钻法律的空子，在财务收支活动中违反国家规定，造成有机可乘。由于审计组在实施审计过程中，混淆了财政收支与财务收支的界限，往往查证了许多被审计单位财务收支活动中的违反国家规定的行为事实结果，如突出的私设“小金库”问题。对查证的这些违规问题，在决定进行依法审计处理时，是否可进行审计处罚呢？如果进行审计处罚，则有悖于《审计法》第四十四条关于“作出处理”的规定；如果不予处罚，则不足以起惩戒和教育的审计监督目的。一旦决定进行了审计处罚，被审计单位又往往以“不符合《审计法》规定”为由，依法申请行政复议。复议机关受理这样的复议申请，也往往以程序违法为由，作出不利于审计机关的复议决定。这就给政府部门钻法律的空子，在财务收支活动中违反财 政法律、法规而又逃避审计处罚提供了可乘之机。他们在思想上便认为：政府部门，花的是预算财政，对财务收支违纪违规问题，审计机关在年度预算执行情况审计中查出来，只能处理，又不能处罚，没什么大不了的。审计查不出来，他们更是沾沾自喜。将政府部门“年度预算执行情况审计”更名为“年度财务收支审计”，并不违背《审计法》。有关预算执行情况审计的规定。因为：其一，从级次上讲，政府部门财政收支活动并不是独立的一级预算单位，审计机关对它的审计，实质上是对本级财政预算执行情况审计监督的延伸；其二，从审计的内容讲，审计机关对政府部门年度财务收支审计监督的内容完全能涵盖其年度预算执行情况的全部内容，不会产生遗漏；其三，从审计程序的具体操作讲，审计机关开展地方本级预算执行情况审计监督过程中，对需要延伸审计的政府部门，下达年度财务收支审计通知书，审计作业时务必重点保证查清预算财政收支活动，并为向本级政府和上级审计机关提出审计结果报告提供翔实的资料，不但是可行的，而且是可以的。
