一、个人所得税审计程序 日本税务机关以个人所得税的审计，实际上是双重的。地区税务机关的审计重点为：是否遵守税法，适用税法是否适当；所得税审计人员则审查申报的应纳税所得是否正确以及是否按照法定要求扣缴税款。 进行所得税审计时，要对驻日本的分支机构或子公司的会计账表，工薪清单，人员清册以及办税部门进行查核。审计工作一般要进行２～３个月。审计期间，审计与被审计双方将以会谈形式完成大量的调查、争论与协商。公司一般派税务会计师出席这些会谈。 二、审计中通常发现的问题所在 雇佣合同副本 税务审计人员审计时，通常首先索取所有外国职员的雇佣合同和（或）委派协议的副本。外国职员一般都持有这种书面合同或协议。税务审计人员将这些书面文件视为重要资料，因为它记载有委派及有关报酬、利益的细节。 休假费 日本雇主对外国职员及其家属定期给予回国假并提供往返费用，这种待遇称为休假。日本税法规定，对外国职员与其家属每年的休假津贴不予征税。在税务审计中特别重视休假旅费单据，公司会要求外国职员保存所有机票，以备税务审计人员详细检查，以征实其确系回国往返机票，没有另去其他地区。如果发现曾另去其他地区，其与直接回国旅费的差额若已由雇主支付，则应处理为外国职员的应纳税所得。税务审计人员还应核实其返国日期是否属于每年一次的休假。 向美国４０１（Ｋ）养老金体系的缴纳 美籍职员向美国４０１（Ｋ）养老金体系的缴纳，在美国国内可以在税前处理，但在日本就不得从总所得额中扣除。至于雇主对这个制度所作的对等缴纳，日本税务审计人员最近也极力主张不予扣除。 对董事报酬的税收处理 日本税收对董事和与一般职员的待遇不同。董事的报酬应按特别税收规定全部纳税；公司为董事提供的住房的应纳税价值，按实际租金的３５％～５０％计算，高于一般职员（５％～１０％）；如果董事的所得及其他利益，不是按常规支付，而是带有奖励性质的，公司不得列支。因此，外国职员往往力求避免被指派和登记为董事。根据公司所得税法，董事是指董事会的成员，法定审计师，理事会的成员，总经理，公司清算人以及公司所得税法界定的从事经营的人。所有在日本的法人单位都应在日本注册登记，登记时应将所有执行董事列表报送。一般说来，表列的个人在日本税法上即视为董事。税务审计人员可以根据某人担任的工作认定其为董事，并应检查各董事是否已按特别规定纳税。 医疗卫生制度 检查外国职员的医疗卫生制度是为了查明谁支付医疗保险费。一般说来，雇主代外国职员支付的雇员保险费是不免税的。 年终的报酬一览表 为了核实外国职员纳税申报表上申报的所得额，税务审计人员可以要求公司提供职员年终的报酬一览表；对美籍职员，还可要求提供美国ＦｏｒｍＷ－２副本。年终的报酬一览表上反映的报酬组成部分为所得项目，可用来与个人所得税纳税申报表上金额相核对，审查其是否一致。 以权益资本为根据的报酬制度 日本公司准许雇员参与公司的所有权，对职员和董事实行了以权益资本为根据的报酬制度。日本税务机关规定，雇员购股权（ｓｔｏｃｋｏｐｔｉｏｎ）所得应处理为报酬或雇佣所得；对某些合格的雇员购股权的税收处理，也制定了新的法案。照此规定，某些日本雇员购股权制度可以得到有利的税收待遇。但这些规定并不适用于非日本公司的雇员购股权制度。 三、处罚 对怠不申报所得者，处以罚款与罚息。罚款为未申报所得应纳税额的１０％到１５％；利罚息的年利率为７３％。对于偷税行为，税务机关将按应纳税额的３５％处以罚款。
