国有企业聘请注册会计师进行审计存在如下弊端：①我国的大中型国有企业“所有者缺位”，以总经理为首的经营者同时又代表所有者委托注册会计师对自身的经营状况进行审计，有的企业甚至直接由财务人员委托事务所审计。在这种情况下，被审计单位即是委托人，违背了“委托人应是所有者”的独立性假设，这种业务委托体制很容易导致注册会计师违心迎合经营者的意愿，发表不实的审计意见；②“潜在风险”太小，不足以约束审计人员的行为。一般而言，国有企业年度会计报表主要报送国有资产管理部门、财政部门、税务部门、工商部门、计委等。由此可见，经过注册会计师审计的会计报表主要是满足政府部门的需要，而并非通常所说的作为投资者决策的重要依据。由于审计报告的使用者中缺乏涉及切身利益的自然人，难以对注册会计师形成应有的压力。虽有数量不菲的不实报告报送上去，但只有少数注册会计师为此受到处罚。所以从某种意义上讲，审计报告实质上只不过在例行公事，应付有关规定，这无疑为不实审计报告，进而为不实报表提供了滋生和蔓延的土壤。 所以，在建立国有企业年度会计报表注册会计师审计制度的同时，辅之以对经济社会审计机构审计后的国有企业年度会计报表核查的制度是非常及时和必要的。 现在已开展的核查工作以抽样方式进行，核查工作由财政监督机构统一组织实施，财政部门以及省级注册会计师协会积极参与配合，必要时可委托社会审计机构承担。核查范围包括社会审计机构审计过的国有独资企业和国有控股企业的年度会计报表以及社会审计机构出具的审计报告，财政部门按不少于10％的比例组织核查。这样规定有节省人力物力、减少财政部门工作量，节约财政资金的考虑，但此比例偏低，存在问题的企业和事务所远超过该比例。核查工作的局限性还在于，通知中虽规定由委托的财政部门按规定标准支付给参与核查的社会审计机构费用，并由同级财政预算安排，避免了直接由社会审计机构按照查出问题金额的一定比例提成所引发的弊端，但是，不可避免地会碰到前去核查的社会审计机构与被核查的社会审计机构“同行相遇”的尴尬场面。对经社会审计机构审计的国有企业上一年度会计报表的核查工作一般从每年6月份开始，年底前结束，无疑加重了国有企业疲于应付的检查烦恼：年审刚过，税务局又来，接着是征管办、审计署，又迎来了财政局的核查，令国有企业一年四委摆脱不开检查的重负，真是苦不堪言。 要提高核查工作的实效，还应做好以下工作：①有针对性的侧其重点来核查，如根据举报具体线索重点核查虚报、隐瞒收入、偷逃税款比较严重的；②尽量缩短核查时间，以免给企业造成更大的负担；③尽量不委托社会审计机构承担核查工作，以免制造社会审计机构与企业之间，不同社会审计机构之间的新矛盾，即使动用社会审计机构力量，也要统一部署，以财政监督机构的身份执行工作；④处罚得当，依法进行。企业有关人员或注册会计师有违反国家法律的，依法追究行政、刑事责任，不做表面文章。
