首先，建立健全医保审计机构。社会保险经办机构专门设立审计机构，配备专兼职审计人员，并使之成为政府审计部门审计体系的组成部分。医保审计人员的配备，既要有财会法规和业务知识，又要懂得治疗和医药知识，熟悉各种病的治疗方案和处方用药范围及标准，还要有较强的事业心和责任感。 其次，实行驻院审计特派员制度。由审计特派员按照社会保险经办机构与定点医院签订的包括服务人员、服务范围、服务内容、服务质量、医疗费用结算办法、医疗费用支付标准，以及医疗费用审核与控制等内容的协议，对住院参保职工的治疗方案和处方先预审把关；参保职工治疗终结出院时，对其所有医疗费进行审计认定，以便及时发现并纠正不合理的医疗费开支；对合理的医疗费，由审计特派员认定后医院方可入账，与社保机构结账。 再次，实行与医保审计相配套的奖惩制度。通过对定点医疗机构的审计，对执行社会医疗保险各项政策规定较好、认真履行社保经办机构协议的医疗机构，由政府及劳动保障部门进行奖励和表彰，可授予荣誉称号或信誉匾牌，延长协议签定的期限。审计出的问题较多或较严重的定点医疗机构，除返还不合理超支的医疗保险基金外，政府及劳动保障部门应通报批评，社会保险经办机构可与其解除协议，取消其定点医疗机构的资格。
