审计署1999年对三峡工程库区移民资金进行了审计，发现一些单位、部门存在挤占挪用、损失浪费等违法违纪问题，其中仅挤占挪用移民资金的就达473亿元，占这次审计资金总额的88％。 一些地方挪用移民资金建设办公楼、宿舍、办公司等，或将移民资金借出。例如湖北省宜昌县太平溪镇政府挪用农村移民安置补偿资金、移民用地出让金等707万元，建办公楼、宿舍和宾馆。重庆市涪陵区移民局挪用移民资金385万元办公司；湖北省秭归县教育局挪用直属学校搬迁资金361万元，给局里建办公楼和宿舍。 还有一些迁建企业挪用移民资金来归还以前的借款，或发放工资等。例如巴东县化肥厂从3356万元补偿移民资金当中，拿出2538万元挪用于归还银行贷款、支付生产费用、发放职工工资等，致使该厂因资金缺口大而停止迁建。 在审计中发现，一些地方在移民用地出让金、乡镇移民资金管理方面存在很多漏洞，给一些不法分子贪污侵占提供了机会。如重庆市丰都县国土局原局长黄发祥，采取将土地出让金、保险公司付给移民的养老保险金不入账等手法，转移资金2620万元至账外，从中贪污1556万元。黄发祥妻妹、国土局干部陈芝兰在经营上述账外资金期间，挪用500元炒股票；国土局会计蒋海颖贪污20万元移民用地出让金存入个人账户。秭归县郭家坝镇烟灯堡村原村支部书记袁本安、原村主任郭启平采取虚报冒领手法，分别贪污转移资金24112元和50668元。 这次审计还发现一些迁建项目损失浪费比较严重。此次共查出损失浪费转移资金1766万元，主要原因是有关部门没有按照基本建设管理的规定严格进行工程项目管理。如巴东县209国道复建项目指挥部擅自对部分线路进行调整，边设计，边施工，在项目建设中既不实行公开招标，也不实行工程监理，导致209国道焦家湾大桥垮塌，造成11人死亡。重庆市忠县新北山路全长仅1100米，总投资1800万元，竟由29个个体包工头承包，先后发生3起安全事故，造成3人死亡，工程质量也极差。 审计部门在这次审计中，查实并移交当地政府和司法机关查处的贪污侵占移民资金案件10件，涉案14人。
