经审计署党组研究决定，南京审计学院的隶属关系由审计署转到江苏省。审计署与江苏省拟于2000年2月份完成交接工作。新学期开学后，南审将按调整后的管理体制运转。 1999年12月22日出台的《国务院关于进一步调整国务院部门(单位)所属学校管理体制和布局结构的决定》明确，有45个部门不再管理其所属的165所普通高校，南审即为这165所高校之一。 南京审计学院前身为南京财贸学院，始建于1982年，1987年由审计署与南京市联合办学，更名为南京审计学院；1991年正式划为审计署直属，实行审计署、江苏省、南京市共同领导，并以署领导为主；1993年经国家教委批准，升格为本科院校，实行审计署和江苏省双重领导，以署领导为主的管理体制；同年面向全国招收本科生。1997年5月通过了江苏省学位委员会的验收，取得了学士学位授予权。从1990年起，南审已向社会输送了6000余名经济管理人才。南审毕业生以专业知识扎实、综合素质过硬、肯钻研能吃苦而受到用人单位的广泛好评。
