审计派出机构实际上是政府审计的一个重要组成部分，而审计派驻机构，是一套人马两块牌子，它既属于政府审计，但又行使部门内部审计职能，也属于部门内部审计，但又行使政府审计职能，实际上是政府审计与部门内部审计的混合物。派驻机构与派出机构，一方面，都有一些共同的优势和行业的特殊性，对各自行业、部门的情况比较熟悉了解，有利于开展审计调查和审计监督工作。另一方面，从劣势看，派驻机构实际上又属于行业主管部门的内部审计机构，因此，在干部任免、人员福利待遇等方面隶属于行业主管部门，处处受制于人。在审计监督工作中特别是涉及到部门利益与国家利益不相一致时，往往大多服从部门利益，不愿或不敢揭露，依法处理部门内部存在的违法违纪问题。这势必失去了审计的独立性、客观性、公正性，也就失去了审计的权威性，使审计工作隐藏着极大的风险。而审计派出机构、在人财物方面没有受制于人的尴尬境地，自始至终代表的是国家利益，有利于依法行使职权，在审计监督过程中敢于理直气壮坚持原则，不怕打击报复，大胆揭露、反映和依法处理违法违纪问题，有利于及时发现和揭露大案要案线索，树立了审计的公正性、权威性、廉洁性，有利于开展反腐倡廉和打击违法违纪案件。 其次，从分工协作方面看。审计派出机构直接隶属于国家审计机关，容易发挥对行业主管部门熟悉了解的优势，对行业部门起到威胁、监督作用，也为审计机关分担了大量外围性的、行业性的审计调查及审计监督工作，有利于国家审计机关突出重点、集中优势兵力完成一些大案要案或重大审计项目的审计工作。同时，也可接受行业主管部门的委托，在行使内部审计工作中，发挥其派出机构的特殊性、超脱性、全面性优势，更有利于客观地、公正地发现问题、揭露问题并提出处理意见和建议，也更有利于监督、规范行业主管部门的管理工作，使审计工作由事后审计扩展到事中、事前审计。而派驻机构，由于人财物都隶属于行业主管部门，不可能站在国家角度处理问题，更多的是从内部审计角度处理问题，其独立性、公正性受到限制。 第三，从已有成功的实践经验看，如公安机关实行的是派出机构而非派驻机构，最近，中央国家机关机构改革中，各部委审计机构实行的也是派出机构而非派驻机构由原先实行的派驻制改为现在的派出制，都有其一定的道理。 第四，从目前形势看，持“派驻”这个观点的，一般都是福利待遇较好的行业主管部门，他们既想持铁饭碗又想拿较多的福利待遇；而持“派出”观点的，一般是机构不稳的部门，他们所在部门福利待遇较差，在审计实践中往往受到这样或那样的限制，总有寄人篱下的感觉，渴望“回娘家”。 综上所述，审计派出机构比派驻机构更胜一筹，更有现实意义。
