1、挤占、挪用专项资金。在现行财政管理体制下，各级行政事业部门直接负责大量专项资金的分配、使用及管理，大多数单位能做到专款专用，但也有些单位存在挤占、挪用专项资金的问题。其原因：一是对专项资金的性质认识不清，与正常经费混在一起使用；二是目前对此问题的处理仅限于归还原资金渠道，而没有具体的对单位及当事人的处罚规定。 2、私设“小金库”，公款私存。问题存在的主要原因：一是认为设“帐外帐”是用于单位开支，给大家谋福利，没装进个人腰包。二是部分行政事业单位内控制度不健全，受小团体利益驱动，化大公为小公，所以产生了游离于总帐外的“帐外帐”。三是由于近几年事业发展迅速，部分行政事业单位单纯依靠财政拨款难以维持收支平衡，于是便筹措部分帐外资金，以应不时之需。 3、欠交税费。严重影响了国家税收法律、法规的严肃性和权威性以及财税体制的巩固和完善。 4、截留、坐支罚没款和行政性收费。用于弥补行政经费不足和搞职工福利，助长了不正之风，影响了国家机关的形象。 5、部分预算外资金未实行财政专户储存。预算外资金的分散，不但扰乱了财政分配的正常秩序，造成了部门之间苦乐不均，严重削弱了政府宏观调控能力，也助长了滥发钱物、购买高档物品等不正之风的发生，影响了党和政府在人民群众中的形象。 6、违控购买专控商品。由于有些单位对国家关于专控商品的规定未予重视，对具体内容不甚了解，加之怕麻烦和交控购附加费等原因，而未办理专控手续。 7、财务管理亟待加强。主要表现在：(1)报销单据不合规，手续不齐全。如有的单位以自制收据作为收费票据，未使用财政部门统一印制的行政事业性收费收据；有的支付工程款的发票为商业零售统一发票，而非建筑安装工程结算统一发票；有的购设备没有发票，仅凭所写说明列支出，有的甚至白条列支，等等。(2)在票据管理方面，部分单位领用、缴销手续不健全，未设立票据领发缴销登记簿，有的票据领、用、存数字不符，有的票据保管不善，致使票据存根遗失。(3)有的单位往来帐数额较大，不能及时清理，有些私人借款长期不还。(4)有的单位违反《现金管理条例》，存在着严重超限额使用现金的问题。(5)帐务处理不合规。有的通过“暂存”科目进行列收列支，有的将所扣职工房租、水电费列为收入，有的还出现帐面余额与银行对帐单不符的现象。(6)有的单位会计基础工作薄弱，会计、出纳一人兼，新老会计人员交接帐务不衔接，记帐凭证未装订，存在“包包帐”、“流水帐”、科目使用不当等问题。(7)有的单位未按财务制度规定设置固定资产总帐、明细分类帐，一些新增固定资产未能及时入帐，有利于对国有资产进行管理，还有的单位所购大哥大、BP机、照相机等均由个人保管使用，由于未入固定资产帐，亦没有领用手续，时间一长或保管人调走，这些资产就不知去向，造成国有资产流失。
