一、开展内部控制制度审计，完善各项规章制度 1.一切资金的流动和价值的转移，是否都已纳入财务部门的统一管理之下，后勤、基建、设备管理等相对独立的单位的核算部门应服从于财务部门的业务指导，并接受其监督。 2.内部关键性职能是否已分离，主要的岗位要由两名以上的人员同时负责，并相互牵制，使之在正常责任范围内，不可能处于既可弄虚作假又能掩盖错误的地位。 3.各级审批权限是否明确，高校内部部门繁多，资金的调拨、使用、分配等各环节的审批权限应明确，防止越权审批现象的发生。 二、进行经济效益审计，评价资金使用效果 1.高校经济效益审计的特点。高等院校主要是从事非物资生产活动，它从培养人才、进行科学技术研究等方面为社会作出一定的贡献，其效益往往显得很模糊，难以从数量上加以概括，更难以从价值上衡量效益的好坏或高低，资金在使用过程中，其业务活动的成果也并非立竿见影，往往通过一段时间(一年、二年甚至几十年不等)才能表现出来，但是一旦表现出来，持续的时间很长久。因此，高校的经济效益往往是一种间接效益，其价值表现往往是一种相应对的节约额，因而审计标准也应立足于间接效益，才能对其效益作出全面、正确评价。 2.高校经济效益审计的内容。主要内容包括资源的投入，业务管理和产出成果三个方面，并对投入的经济性、管理的效率性和产出的效益性进行审查。 投入的经济性是用最少的资源完成预期的任务，或达到既定的目标，如用有限的教育经费完成现有学生的教学及实践任务，以少量的资金投入，购入急需的教学科研设备，不搞重复购买或者购入质次价高的设备。管理的效率性，则是包括设置机构是否科学，资源、人才在校内的配置是否合理，管理水平是否先进。产出的效益性，表现在产生的数量和质量两个方面，一方面，确定人才数量是否最大限度地满足社会需要；另一方面确定人才质量是否达到一定的标准，科研成果是否为社会所承认。 三、加强经济责任审计，为反腐倡廉服务 尤其是对主要部门负责人进行离任经济责任审计，是深化和拓展高校内部审计的重要措施和有效途径。
