(一)会计师事务所在资产评估工作中与国有资产管理局的协调问题。 在股份制改造企业的资产评估工作中，往往出现有些企业在实行股份制改造时，企业的资产已经评估机构进行了评估，国有资产管理局也已经予以确认。但现在企业要求上市，而原来的评估机构又不具备财政部和证监会批准的从事证券业务资产评估的资格，按上市要求就需要由一家具备资格的评估机构去重新进行评估。这样就会出现评估结果和原来的评估结果不尽一致，而国资局是否依据新的评估结果对该企业的资产重新进行确认。在这方面的认识不一致而又无据可依，这样往往给评估机构的工作带来困难。 (二)资产评估与财务审计工作次序问题。 实行股份制改造企业的资产评估工作和财务审计工作是两项重要的工作，但在具体实施过程中孰先孰后的问题，有关部门对此并没有明确的确定，从而使资产评估机构的资产评估工作和会计师事务所的财务审计工作做法不一。有的是先进行资产评估并入帐后再进行审计；有的是先进行审计后再进行评估。而按照有关规定，同一家会计师事务所又不能对同一上市企业出具资产评估报告和财务审计报告。这样，往往会造成两个部门的工作协调不好，或者出现一些重复工作。如评估在先，那么在实施财务审计时应如何利用评估报告，对企业的财产物资审计实施哪些程序，是否可以利用评估机构核实的财产物资的账面价值作为对此的审计证据，企业对已经确认的资产评估结果应在何时调整入账等问题；如果先进行审计再进行评估，同样存在有关问题。而且先进行财务审计工作，也必然会加大会计师事务所的审计工作量。从目前评估费用和审计费用的收取上，存在评估收费高于审计收费(一般指按项目收费而言)的现象。这些问题，都会造成两个部门的工作协调不好而相互调节。我们的看法是：应该借鉴西方国家的一些做法，先进行财务审计，再进行资产评估。因为，资产评估是采用不同的方法对企业资产的价值进行重新确定，而评估的依据则是资产账面的真实记录。因此，资产评估应以已经审计的资产净值为基础。另外，如果这两项工作可以由一家会计师事务所去完成，则会有利于处理好这些问题。但是，由于这些问题没有明确规定，导致实际工作中做法不一。 (三)财务审计过程中重要会计事项调整的问题。 财务审计过程中需要进行调整的会计事项是经常出现的，包括主观引起的错误事项和客观出现的错误事项。但在上市公司的财务审计过程中，因前后执行的制度不一样，企业的改组方案不同，需要进行调整的事项就很多，并且很重要。比如：由于报告期内运用了新的会计准则和会计制度，导致企业政策发生变化所需要进行的调整；实行部分改组的企业有关财务资料的调整；审计中发现错误问题的调整等。在这些调整中，有些问题在国家有关制度中已作了明确规定，而有些问题仍然没有一个统一标准。如在对上市公司前三年财务状况进行审计时，一般按新制度要求需要调整编制损益表，那么所涉及到资产负债表中的项目，如“应交税金”等需要不需要作相应的调整；前三年的资金平衡表是否一定要按新制度转换为资产负债表等。这些问题没有明确的规定或各地的规定不一致，使注册会计师对自己的工作结果无法做出正确判断。
