经济责任审计程序同其它审计种类类似，主要包括审计准备、审计实施、审计终结三个阶段，除法定的基本程序外，它有其不同点。 (一)审计准备 审计准备是做好审计工作的基础和前提。经济责任审计准备阶段主要做好审计立项、编制审计方案、组成审计组、发出审计通知书和初查等工作。 1.审计立项是经济责任审计的前提。以党政交办(或委托)作依据是经济责任审计的特点。审计机关为防范风险，规范运作，立项应当以党政领导签署，组织部门盖章的书面委托通知为准。 2.经济责任审计方案应突出领导者作为法人代表与受托经济责任有关的审计内容和与领导者个人经济行为有关的审计内容，载明实施步骤和运用的审计方法，注意交办的各项具体要求，写明审计的范围与重点内容及审计的进度。编制审计方案是审计准备阶段的重点工作，它是具体组织实施审计工作，并作为检查审计工作的进度和成果的基本依据。 3.根据审计任务组织相应的审计组或专门审计班子，并进行必要的培训，使审计人员了解任务、方案、分工和要求。 4.进场前三天向被审单位发出审计通知书，抄送被审计的干部，并向有关部门和干部本人了解该单位性质、职能、作用和被审计对象的基本情况，收集、熟悉与审计事项有关的国家法律法规和政策。 (二)审计实施 实施阶段是审计质量控制的重要环节和审计工作能否达到预期目标的基础工作。这一阶段的主要工作有见面会、审计与调查、取证、归纳整理。 1.见面会应由审计组长或审计机关领导主持，邀请交办单位领导，被审单位有关人员及其主管部门领导参加。审计组应着重讲明审计的依据、目的、范围、内容、实施步骤、审计方式、审计人员分工及纪律要求，听取被审单位自查情况介绍和被审计干部的述职报告。 2.实施审计的主要方式是审查会计凭证、账簿和账表；查阅有关文件、资料；核查现金、实物、有价证券；向有关单位或个人调查核实情况，对相关财务凭证、账表进行复印复制和抄录相关数据；进行必要的延伸审计或调查，与被审计干部交谈，详细了解有关财务情况。 3.分析计算数据，归纳资料，整理审计工作底稿。 (三)审计终结 1.审计组应向审计机关全面汇报审计工作情况。审计报告内容包括：审计时间、范围、内容和方式；被审计单位基本情况；被审计干部任期目标、任务完成情况；审计评价；审计查出的主要问题；审计意见和建议等。 2.为保证经济责任审计的客观公证、实事求是，使审计报告所列问题得到再一次核对和检验，维护被审计干部的合法权益，审计报告应当送被审单位(或被审干部)征求意见，再根据反馈的书面意见进一步研究、核实或修改，并将被审计干部的书面意见及审计组的说明随同审计报告一并报送。 3.审计机关要对经济责任审计结果承担相应的责任，因此要在专人复核审计报告的基础上审定审计报告。主要审定与审计事项(交办内容)有关的事实是否清楚，被审计单位(或本人)对审计报告的意见或复核意见是否正确，审计评价意见是否恰当，定性处理处罚、建议是否合法适当。 4.专题向党政领导或委托部门提交审计报告。按照交办要求，逐项报告审计情况，本着依法公正适度的原则提出经济处理、处罚意见和追究个人责任的建议(分别情况出具审计意见书或审计决定)。专题报告中要对被审计对象廉洁自律涉及财政财务收支方面的问题，有无追求个人享受，侵吞国家资产和侈奢浪费现象等作出明确的回答。这是与其它审计的重要区别。 5.组卷归档。为保证经济责任审计资料的真实、合法、完整和审计工作的连续性，根据有关审计档案管理的规定，经济责任审计项目全过程形成的所有材料应当及时收集整理归档。其中立项依据、通知书、审计方案、取证笔录、领导批示和具有保存价值的其它材料是必不可少的，并按照审计档案工作的规定装订成卷移交档案管理部门。
